@phdthesis{Eisold,
  type      = {Bachelor Thesis},
  author    = {Alexander Eisold},
  title     = {Quantitative Acquisition and Feature Selection based of 3D Structure Information for Prediction with SVM of the cis-trans Isomerisation of Xaa-Pro in Membrane Proteins},
  url       = {https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-24433},
  abstract  = {Die Bachelorarbeit befasst sich mit der cis-trans Isomerisierung von Xaa-Pro (Xaa ist eine be-liebige Aminos{\"a}ure vor Prolin), deren Quantitative Erfassung und die Auswahl von 3D-Strukturinformationen f{\"u}r die Vorhersage durch eine Support Vektor Maschine (SVM). Die mengenm{\"a}{\"s}ige Erfassung des Auftretens von cis-, trans- und der cis/trans Konformation inMembranpro-teinen wird untersucht und ausgewertet. Bei den 3D-Strukturinformationen handelt es sich um 12 Merkmale der Aminos{\"a}uren rund um und einschlie{\"s}lich des Prolin besitzen. Dazu geh{\"o}ren innen/au{\"s}en Klassifikation, reale Sekund{\"a}rstruktur, energetische Betrachtung, sowie f{\"u}nf weiter Aminos{\"a}ure Eigenschafen in einem definierten Radius um das Prolin vorkommen. Aus diesen Informationen wurde ein Datensatz f{\"u}r die SVM geschaffen, die als Programm zur Vorhersage von unbekannten und bekannten Xaa-Pro-Isomerien dient. Die Methoden f{\"u}r die Auswertungen wurden mit der plattformunabh{\"a}ngigen Programmiersprache Java umgesetzt. Aus der Arbeit sind zwei Programme hervorgegangen, Xaa-PIPT (Xaa-Proline cis/trans Isomerization Prediction Tool) f{\"u}r die Quantitative Erfassung und Extrahieren von strukturellen Informationen und m Xaa-PIPT zur reinen Vorhersage der Xaa-Pro-Isomerie in Proteinstrukturen. Als Grundlage di-enten 389 Membranproteine der PDB (Protein Data Bank). Die gewonnen Daten wurden zudem Statistisch untersucht und ausgewertet.},
  language  = {en}
}