@phdthesis{Mergner,
  type      = {Bachelor Thesis},
  author    = {Aline Mergner},
  title     = {Vergleich und Optimierung verschiedener Primerdesigns zur Detektion von SNPs mittels Allel-spezifischer PCR},
  url       = {https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-42934},
  abstract  = {Diese Arbeit befasst sich mit dem Vergleich und der Optimierung verschiedener Primerdesigns zur Detektion von SNPs mittels Allel-spezifischer PCR. Dabei wurden zwei verschiedene Primerdesigns erzeugt, die auf der Grundlage eines zuvor auf Funktionalit{\"a}t getesteten Primerdesigns basieren. Zur st{\"a}rkeren Signal-Auftrennung wurde dem zweiten Primerdesign ein Tail hinzugef{\"u}gt. Das dritte Primerdesign besteht aus einer Ankersequenz (Tm > 75°C), einem nicht zur genomischen Sequenz komplement{\"a}ren Spacer und einem Sequenz-spezifischen 3‘-Ende. Dabei wurde die Orientierung der Primer aufgrund der Nachbar-SNPs von A2690C ge{\"a}ndert. Die Sequenzierung ergab keine weiteren Mutationen, au{\"s}er den gew{\"u}nschten, innerhalb der Primer-Konstrukte. Somit wird die Erzeugung von Nullallelen nur durch die Fehlpaarung einer Base hervorgerufen. Die Funktionalit{\"a}t des Primerdesign 3 konnte nicht best{\"a}tigt werden. Im Vergleich schneidet das Primerdesign 1 etwas besser ab als das Primerdesign 2. Der Ausfall tritt dabei beim Primerdesign 1 schon ab einer Annealing-Temperatur von 67°C ein. Zudem entf{\"a}llt die Erzeugung und der Abgleich des Tails mit den entstehenden Produkten. F{\"u}r die Multiplex-PCR ist eine Kombination beider Primerdesigns denkbar und vermutlich sinnvoll, da {\"u}ber die Tail-Sequenzen Manipulationen zur Anpassung der Eigenschaften der Primer vorgenommen werden k{\"o}nnen und die Abstimmung zwischen verschiedenen SNP-Primer-Trios gegebenenfalls erleichtert wird. Best{\"a}tigt sich die Funktionalit{\"a}t der Allel-spezifischen PCR im Multiplex-Verfahren, so k{\"o}nnte diese Methode die in der Rechtsmedizin {\"u}bliche Single Base Extension abl{\"o}sen. Dadurch w{\"u}rde sich eine starke Senkung der Kosten und des Zeitaufwandes ergeben.},
  language  = {de}
}