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Integration von Daten und Methoden zum Zugriff und zur Analyse vonGenotypisierungsdaten im Edge Computing Umfeld mittels Datencontainer

Integration of Data and Methods for Access and Analysis of Genotyping Data in the Edge Computing Environment using Data Containers

  • Aufgrund der bedeutenden Fortschritte im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierungstechnologien und folglich dem exponentiellen Wachstum biologischer Daten entstehen in der Bioinformatik Herausforderungen bei der Speicherung und Analyse großer Datenmengen. Die umfangreichen Genotypisierungsdaten der Gerste, welche als Referenzdatensatz vorlagen, wurden am Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) durch Genotyping by Sequencing (GBS) erstellt. Zur effektiven Speicherung sowie Analyse dieser Daten wurden verschiedene Datenstrukturen erstellt und hinsichtlich Performance und Speicherbedarf evaluiert. Die Entwicklung verschiedener Java-Tools ermöglichte dabei das Einlesen, die Verarbeitung, sowie die Ausgabe dieser Daten zur effektiven Strukturierung und Analyse. Um die Anwendung dieser Java-Tools über Edge-Computing zu ermöglichen, wurde an der Erstellung von Datencontainern gearbeitet.

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  • Bachelorarbeit_Tabea_Zimmer_Druck.pdf
    deu

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Metadaten
Author:Tabea Cornelia Zimmer
Advisor:Röbbe Wünschiers, Matthias Lange
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Year of Completion:2020
Granting Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2021/09/16
GND Keyword:Edge computing; Bioinformatik
Institutes:Angewandte Computer‐ und Bio­wissen­schaften
Open Access:Innerhalb der Hochschule
Licence (German):License LogoEs gilt das UrhG