OPUS


Die Analyse des Metatranskriptoms einer Biogasanlage und deren Darstellung auf einer Stoffwechselkarte

  • Die Bachelorarbeit befasst sich mit dem Zuordnen von Reads eines Datensatzes, der aus ausdem sequenzierten Metatranskriptom von 6 verschiedenen Organismen besteht, zu Genomen ausgewählter Organismen und die Darstellung dieser auf einer Stoffwechselkarte. Dafür wurde ein Programm in Python geschrieben, dass die Gensequenzen der einzelnen Genome mit den Reads des Datensatzes, mit der Hilfe von BLAST, vergleicht. Die Anzahl der Übereinstimmungen spielt die Stärke der Expression der einzelnen Enzyme wieder und wurde auf der Stoffwechselkarte „Biochemical Pathways“ graphisch dargestellt. Je nach Trefferanzahl wird das Enzym mit einer bestimmten Farbe hervorgehoben, so dass mit einem flüchtigen Blick Expressionsbereiche und die Stärke dieser leicht zu erkennen sind. Des Weiteren wird die genaue Anzahl der Treffer und die EC-Nummer angezeigt. Neben des Bildes speichert das Programm die Ergebnisse in Textdateien, die tabellarisch aufgebaut sind und deshalb mit einem Tabellenkalkulationsprogramm importiert werden können. Damit nicht jeder Organismus einzeln analysiert werden muss, ist eine Methode geschrieben worden, die mehrere Organismen nacheinander mit dem Datensatz vergleicht, und danach die Ergebnisse miteinander vergleicht. Außerdem wurde eine PROSITE Pattern Suche eingebaut, um EC-Nummern, die in keinem Genom vermerkt sind, in dem Datensatz dennoch zu finden.

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Metadaten
Author:Michael Wolf
URN:urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-34993
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Date of Publication (online):2013/12/19
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2013/12/19
GND Keyword:Biogasanlage; Genom; Stoffwechsel
Institutes:03 Mathematik / Naturwissenschaften / Informatik
Dewey Decimal Classification:500 Naturwissenschaften
Access Rights:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoEs gilt das UrhG