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Erstellung eines Tools zur Vorhersage von CRISPR/Cas Transformationseffizienzen und Off-Target Effekten

Creation of a tool for the prediction of CRISPR/Cas transformation efficiencies and off-target effects

  • Die Arbeit befasst sich mit der Erstellung eines Tools zur Vorhersage von Transformationseffizienzen von CRISPR/Cas Systemen in Gerste (Hordeum vulgare L.). Es wurden 57 Zielsequenzen hinsichtlich ihrer Sequenzeigenschaften, wie GC Gehalt oder Entropie untersucht und Modelle für die Vorhersage von Effizienzen, für neue Sequenzen abgeleitet. Dabei konnten gute Vorhersagegenauigkeiten, erzielt werden. Außerdem wurden mit Hilfe von k-mer Analysen Off-Target Effekte abgeschätzt, wobei hier der Vorteil gegenüber vergleichbaren Tools in der Verwendung von Sequenzrohdaten liegt. Somit kann das Tool auch für unassemblierte Genome genutzt werden.
  • This study presents a new bioinformatics tool for the prediction of transformation efficiencies of CRISPR/Cas systems in barley (Hordeum vulgare L.). During the study 57 target sequences were analyzed in regards to their sequence properties, e.g. GC content or entropy. Afterwards, regression models for the prediction of such transformation efficiencies were created, which showed good prediction accuracies. Furthermore, k-mer analysis for the estimation of off-target effects were performed. One outstanding feature this new tool has in comparison to other tools is the omission of whole finished genome sequence assemblies. All analysis can be performed with raw sequencing reads only (minimum genome coverage 10x).

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Metadaten
Author:Markus Schwalbe
Advisor:Röbbe Wünschiers, Uwe Scholz
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Year of Completion:2018
Granting Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2019/05/23
GND Keyword:CRISPR/Cas-Methode
Institutes:Angewandte Computer‐ und Bio­wissen­schaften
Dewey Decimal Classification:572.8028 CRISPR/Cas-Methode
Access Rights:Innerhalb der Hochschule
Licence (German):License LogoEs gilt das UrhG