Maria Helm

• In diesem Projekt stand die Steigerung der Effizienz bei der Auswertung von Next-Generation-Sequencing-Daten aus Peptid-Phage-Display-Experimenten im Vordergrund. Das Ziel war das Finden von Sequenz-Erweiterungen zu bisher gefundenen Epi- und Mimotopen. Die Ergebnisse des vorangegangenen Projektes wurden geteilt, um die Auswertungskriterien vor und nach den Software-Veränderungen vergleichen zu können. Dabei sollte die Analyse alle möglichen Erweiterungen in den bisher gefundenen möglichen Epitopen untersuchen. Dazu wurden zwei Aufgaben realisiert. Das erste Projekt diente der Bearbeitung der NGS-Datensätze direkt nach der Sequenzierung und anschließend in der zweiten Aufgabe wurde ein Tool verbessert, dass bei der Analyse der Datensätze unterstützt. Bei den Verbesserungen ging es nicht nur um die reine Zeitersparnis, sondern auch um die Anwenderfreundlichkeit.
• The main goal of this bachelor’s thesis has been to increase the efficiency of next-generation sequence data evaluation. All datasets originated from previously experiments on peptide phage display. Our previous analyses resulted in identification of short amino acid sequences that we defined as possible epitopes of the orthoreovirus T3D (strain 3 Dearing) in two mouse strains. The aim of the present analyses was to identify the sequence of expansion of amino acid of those four-amino-acids-long motifs. The previously obtained data were divided into two groups in order to compare the evaluation criteria before and after software optimization. The analysis aimed at finding all possible sequence expansions of our orthoreovirus T3D epitope candidates. In order to optimize the NGS data evaluation software, we carried out two tasks. The first task was performed to process new NGS datasets directly after sequencing. Next, we improved an already existing tool in order to support further analysis of the processed datasets. The improvements aimed not only at saving time and accelerating data preparation, but also at optimizing user-friendliness. Both goals have been successfully accomplished.