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Erkennung von Ähnlichkeitsbeziehungen wohldefinierter Muster mit Hilfe regulärer Ausdrücke

Recognition of similarity relations of well-defined pattern using regular expressions

  • In der Bachelorarbeit ,,Erkennung von Ähnlichkeitsbeziehungen wohl definierter Muster in Membranproteinen mit Hilfe regulärer Ausdrücke" wurde 32 Pfamfamilien, in Bezug auf Motive, untersucht.Als Grundlage dienten hierfür 50 Sequenzmuster von Gerstein et al. [11]. Die Proteinsequenzen der verwendeten 32 Proteinfamilien, von deren Domänen keine Funktion bekannt ist, wurden auf Beinhalten dieser Muster hin untersucht. Im nächsten Schritt wurde untersucht, welche dieser 50 Muster zusammen in einer Proteinsequenz auftreten, um so die Co - Co- Occurence festzustellen. Anhand der somit erhaltenen häufigsten Paarungen im transmembranen, nichttransmembranen und Transition - Bereich und mit Hilfe von bereits beschriebenen Mustern und Pattern von biologischen Datenbanken, wurde versucht, bestimmten Musterpaarungen aus der Arbeit von Gerstein et al. eine Funktion zuzuordnen bzw. eine Erklärung für ihr Auftreten in den Proteinen zu finden.

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Metadaten
Author:Martin Garbe
URN:urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-30238
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Date of Publication (online):2013/07/23
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2013/07/23
GND Keyword:Proteinfamilie; Proteinsequenz; Mustererkennung; Membranproteine
Institutes:03 Mathematik / Naturwissenschaften / Informatik
DDC classes:570 Biowissenschaften, Biologie
Open Access:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoUrheberrechtlich geschützt