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Vergleich und Optimierung verschiedener Primerdesigns zur Detektion von SNPs mittels Allel-spezifischer PCR

Comparison and optimization of various primer designs for the detection of SNPs using allele-specific PCR

  • Diese Arbeit befasst sich mit dem Vergleich und der Optimierung verschiedener Primerdesigns zur Detektion von SNPs mittels Allel-spezifischer PCR. Dabei wurden zwei verschiedene Primerdesigns erzeugt, die auf der Grundlage eines zuvor auf Funktionalität getesteten Primerdesigns basieren. Zur stärkeren Signal-Auftrennung wurde dem zweiten Primerdesign ein Tail hinzugefügt. Das dritte Primerdesign besteht aus einer Ankersequenz (Tm > 75°C), einem nicht zur genomischen Sequenz komplementären Spacer und einem Sequenz-spezifischen 3‘-Ende. Dabei wurde die Orientierung der Primer aufgrund der Nachbar-SNPs von A2690C geändert. Die Sequenzierung ergab keine weiteren Mutationen, außer den gewünschten, innerhalb der Primer-Konstrukte. Somit wird die Erzeugung von Nullallelen nur durch die Fehlpaarung einer Base hervorgerufen. Die Funktionalität des Primerdesign 3 konnte nicht bestätigt werden. Im Vergleich schneidet das Primerdesign 1 etwas besser ab als das Primerdesign 2. Der Ausfall tritt dabei beim Primerdesign 1 schon ab einer Annealing-Temperatur von 67°C ein. Zudem entfällt die Erzeugung und der Abgleich des Tails mit den entstehenden Produkten. Für die Multiplex-PCR ist eine Kombination beider Primerdesigns denkbar und vermutlich sinnvoll, da über die Tail-Sequenzen Manipulationen zur Anpassung der Eigenschaften der Primer vorgenommen werden können und die Abstimmung zwischen verschiedenen SNP-Primer-Trios gegebenenfalls erleichtert wird. Bestätigt sich die Funktionalität der Allel-spezifischen PCR im Multiplex-Verfahren, so könnte diese Methode die in der Rechtsmedizin übliche Single Base Extension ablösen. Dadurch würde sich eine starke Senkung der Kosten und des Zeitaufwandes ergeben.

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Metadaten
Author:Aline Mergner
URN:urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-42934
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Date of Publication (online):2014/08/20
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2014/08/20
GND Keyword:Molekulare Bioinformatik; Polymerase-Kettenreaktion
Institutes:03 Mathematik / Naturwissenschaften / Informatik
DDC classes:570 Biowissenschaften, Biologie
Open Access:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoEs gilt das UrhG