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Hybride Genome-Assemblierung des altdeutschen Schafpudels

Hybrid genome assembly of the old german sheep poodle

  • Für die genetische Untersuchung eines Organismus ist es heutzutage unerlässlich dessen Genom vorliegen zu haben. Diese Arbeit schafft diese essentielle Grundlage für die weiteren Untersuchungen des altdeutschen Schafpudels. Die Assemblierung des Genoms wird dabei mit Illumina-Short-Reads und Nanopore-Long-Reads durchgeführt. Es werden drei verschiedene Ansätze getestet: das Short-Read-Assembly, das Long-Read-Assembly und das Hybrid-Assembly. Die Assemblies aller drei Ansätze werden im Folgenden auf ihre Qualität überprüft und miteinander verglichen, um das Assembly schrittweise zu verbessern. Das Ziel ist, dass das Assembly ähnliche Qualitäts-Metriken wie die Chromosomen-Level-Assemblies der bisher schon assemblierten Genome anderer Hundearten aufweist.

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Metadaten
Author:Tom Thoralf Fritzsche
Advisor:Röbbe Wünschiers, Nils Schön
Document Type:Master's Thesis
Language:German
Year of Completion:2022
Granting Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2023/01/06
GND Keyword:Pudel; Genanalyse; Genom; Assembly
Page Number:102
Institutes:Angewandte Computer‐ und Bio­wissen­schaften
DDC classes:572.86 Genom, DNS
Open Access:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoUrheberrechtlich geschützt