Hybride Genome-Assemblierung des altdeutschen Schafpudels
Hybrid genome assembly of the old german sheep poodle
- Für die genetische Untersuchung eines Organismus ist es heutzutage unerlässlich dessen Genom vorliegen zu haben. Diese Arbeit schafft diese essentielle Grundlage für die weiteren Untersuchungen des altdeutschen Schafpudels. Die Assemblierung des Genoms wird dabei mit Illumina-Short-Reads und Nanopore-Long-Reads durchgeführt. Es werden drei verschiedene Ansätze getestet: das Short-Read-Assembly, das Long-Read-Assembly und das Hybrid-Assembly. Die Assemblies aller drei Ansätze werden im Folgenden auf ihre Qualität überprüft und miteinander verglichen, um das Assembly schrittweise zu verbessern. Das Ziel ist, dass das Assembly ähnliche Qualitäts-Metriken wie die Chromosomen-Level-Assemblies der bisher schon assemblierten Genome anderer Hundearten aufweist.
Author: | Tom Thoralf Fritzsche |
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Advisor: | Röbbe Wünschiers, Nils Schön |
Document Type: | Master's Thesis |
Language: | German |
Year of Completion: | 2022 |
Granting Institution: | Hochschule Mittweida |
Release Date: | 2023/01/06 |
GND Keyword: | Pudel; Genanalyse; Genom; Assembly |
Page Number: | 102 |
Institutes: | Angewandte Computer‐ und Biowissenschaften |
DDC classes: | 572.86 Genom, DNS |
Open Access: | Frei zugänglich |
Licence (German): | Urheberrechtlich geschützt |