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Analyse von Sequenzvariationen im Erregerkomplex Sphaeropsis sapinea unter Verwendung von Oxford Nanopore Sequenzierung

Analysis of sequence variations in the pathogen complex Sphaeropsis sapinea using Oxford Nanopore sequencing

  • Die Studie nutzte gängige genetische Loci wie SSU, LSU, ITS, TEF1 und β-Tubulin, um zu untersuchen, welche Regionen des Erregerkomplexes Sphaeropsis sapinea eine zuverlässige Differenzierung der Arten ermöglichen. Ziel war es, durch Amplifikation und Nanopore-Sequenzierung eine geeignete Genregion zu identifizieren. Der TEF1-Locus erwies sich als vielversprechend, während andere Loci allein nicht ausreichend differenzierten.
  • This study utilized common genetic loci such as SSU, LSU, ITS, TEF1, and β-tubulin to investigate which regions of the pathogen complex Sphaeropsis sapinea reliably differentiate its species. The objective was to identify a suitable genetic region through amplification and Nanopore sequencing. The TEF1 locus emerged as promising, while other loci alone did not provide sufficient differentiation.

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Metadaten
Author:Charleen Mercedes Lode
Advisor:Röbbe Wünschiers, Doris Krabel
Document Type:Master's Thesis
Language:German
Date of Publication (online):2024/06/06
Year of first Publication:2024
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Granting Institution:Hochschule Mittweida
Date of final exam:2024/05/07
Release Date:2024/06/06
GND Keyword:Kiefernkrankheit; Sphaeropsis sapinea
Page Number:87
Institutes:Angewandte Computer‐ und Bio­wissen­schaften
DDC classes:579.55 Sphaeropsis sapinea
Open Access:Frei zugänglich