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Genetic characterization of the Old German Sheep Poodle using an in silico SNP array approach and digitization of a studbook

Genetische Charakterisierung des Altdeutschen Schafpudels mit Hilfe eines in silico SNP-Array Ansatzes

  • The Old German Sheep Poodle is a breed of German herding dog that has experienced a significant decline in population following the German reunification. Despite its historical significance, the breed’s origin remains elusive. In the first part of this study, the genotype of a male individual was determined using an in silico SNP array approach. This involved aligning whole genome sequence reads to SNP array probe sequences, isolating potential alleles and calling the SNPs. The resulting genotype was then compared to 729 other dog genotypes representing various dog breeds. This comparative analysis identified the Cane Lupino del Gigante and the Hovawart breeds as the closest relatives to the Old German Sheep Poodle. This suggests a shared common ancestor among these breeds and may suggest that the Old German Sheep Poodle was initially bred in either Italy or Germany. Furthermore, canine cryptorchidism is a pathogenic trait in dogs, to which the Old German Sheep Poodle may be particularly susceptible due to it’s purebred and inbred status. To provide a foundation for further research, a studbook comprising 1096 individuals was digitized to obtain pedigree data.
  • Der Altdeutsche Schafpudel ist eine deutsche Hütehundrasse, deren Population nach der Wiedervereinigung Deutschlands stark zurückgegangen ist. Trotz ihrer historischen Bedeutung ist der Ursprung der Rasse nach wie vor ungeklärt. Im ersten Teil dieser Studie wurde der Genotyp eines männlichen Individuums mit Hilfe eines in silico SNP-Array Ansatzes bestimmt. Dazu wurden Genomsequenzen mit SNP-Array-Sondensequenzen abgeglichen, potenzielle Allele isoliert und die SNPs bestimmt. Der resultierende Genotyp wurde dann mit 729 anderen Hundegenotypen verschiedener Rassen verglichen. Diese vergleichende Analyse ergab, dass der Cane Lupino del Gigante und der Hovawart die engsten Verwandten des Altdeutschen Schafpudels sind, was auf einen gemeinsamen Vorfahren dieser Rassen hindeutet. Weiterhin lässt dies vermuten, dass der Altdeutsche Schafpudel ursprünglich entweder in Italien oder in Deutschland gezüchtet wurde. Kryptorchismus ist bei Hunden ein pathogenes Merkmal, für das der Altdeutsche Schäferpudel aufgrund seiner Reinrassigkeit und Inzucht besonders anfällig sein könnte. Um eine Grundlage für weitere Untersuchungen zu schaffen, wurde ein Zuchtbuch mit 1096 Individuen digitalisiert, um Stammbaumdaten zu erhalten

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Metadaten
Author:Anton Ulbricht
Advisor:Röbbe Wünschiers, Nils Schön
Document Type:Master's Thesis
Language:English
Date of Publication (online):2024/07/16
Year of first Publication:2024
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Granting Institution:Hochschule Mittweida
Date of final exam:2023/10/19
Release Date:2024/07/16
GND Keyword:Pudel; Genotyp
Page Number:65
Institutes:Angewandte Computer‐ und Bio­wissen­schaften
DDC classes:576.5 Genetik
Open Access:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoUrheberrechtlich geschützt