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- Bachelor Thesis (4)
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Mit dieser Arbeit wird eine Methodik vorgestellt, strukturbiologische Netzwerke auf der Basis von Experimenten zur Affinitätsaufreinigung mit gekoppelter Massenspektrometrie zu generieren. Zur Anwendung kommen dafür verschiedene spezialisierte Tools in einem strukturierten Workflow. Es wird damit eine Möglichkeit geboten, anhand der Sequenz- und Interaktions-Informationen der analysierten Experimente ein strukturelles Protein-Protein-Interaktions-Netzwerk zu generieren.
Diese Arbeit beschreibt den Protein Protein Interaction Optimizer – PIPINO – als Werkzeug zur Optimierung des Identifizierungsprozesses von Protein-Protein-Interaktionen. PIPINO bietet das Einlesen und die statistische Analyse von Massenspektrometrie-Daten, sowie deren Visualisierung in einem interaktiven Volcano-Plot, um Protein-Protein-Interaktionspartner zu einem untersuchten Zielprotein zu identifizieren. Weiterhin bietet das Tool die Möglichkeit der Erstellung eines Protein-Protein-Interaktions-Netzwerkes anhand von Daten aus Protein-Protein-Interaktions-Datenbanken. Außerdem steht eine Optimierung zur Verfügung, welche die signifikanten Interaktionspartner eines Massenspektrometrie-Experimentes identifizieren kann.
In dieser Arbeit wurde die Interaktion der Proteine Tau und SUMO untersucht. Für die Charakterisierung wurde zuerst die Methode der Bimolekularen Fluoreszenzkomplementation für das untersuchte System eingeführt, bei der ein geteiltes fluoreszierendes Protein durch eine Interaktion von Proteinen vervollständigt wird und ein Signal durch mikroskopische Auswertung detektiert werden kann. Nach verschiedenen Tests zur Funktionalität der Methode erfolgten Lokalisationsuntersuchungen der Proteine während einer Interaktion und bei alleiniger Expression in der Zelle.