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Ensemble FRET ist eine etablierte Methode zur thermodynamischen Charakterisierung von Biomolekülen, insbesondere von Nukleinsäuren (NA). Hier soll die Faltungsdynamik einer DNA-Doppelhelix (Duplex) untersucht werden, welche mit zwei Fluorophoren Cy3 als Donor und Cy5 als Akzeptor markiert ist. Durch die Zugabe von monovalenten Metallionen wie K(I) oder Na(I) soll der Faltungszustand und damit die Stabilität der DNA mittels FRET temperaturabhängig charakterisiert werden. Unser Ziel ist es einen zuverlässigen NA-FRET Standard für die thermodynamische Charakterisierung von Nukleinsäuren mittels FRET zu etablieren.
In dieser Arbeit wird ein DNA-Einzelstrang mittels fluoreszenzspektroskopischer Untersuchungen charakterisiert. Die DNA ist mit zwei Fluorophoren markiert, damit die Charakterisierung mittels FRET durchgeführt werden kann. Durch Zugabe von monovalenten Metallionen K(I) und Na(I) wird der Faltungszustand der DNA beeinflusst. Die Messungen werden bei verschiedenen Bedingungen durchgeführt (Metallionenkonzentration, Metallion, Temperatur, Puffer und pH-Wert). Durch die Berechnung des relativen Anteils der Akzeptoremission kann FRET bestimmt werden und daraus auf den Abstand der Farbstoff am Molekül der DNA geschlossen werden.
