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Document Type
- Bachelor Thesis (1)
Year of publication
- 2020 (1)
Language
- German (1)
Keywords
- Bioinformatik (1)
- Edge computing (1)
Institute
Aufgrund der bedeutenden Fortschritte im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierungstechnologien und folglich dem exponentiellen Wachstum biologischer Daten entstehen in der Bioinformatik Herausforderungen bei der Speicherung und Analyse großer Datenmengen. Die umfangreichen
Genotypisierungsdaten der Gerste, welche als Referenzdatensatz vorlagen, wurden am Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) durch Genotyping by Sequencing (GBS) erstellt. Zur effektiven Speicherung sowie Analyse dieser Daten wurden verschiedene Datenstrukturen erstellt und hinsichtlich Performance und Speicherbedarf evaluiert. Die Entwicklung verschiedener Java-Tools ermöglichte dabei das Einlesen, die Verarbeitung, sowie die Ausgabe dieser Daten zur effektiven Strukturierung und Analyse. Um die Anwendung dieser Java-Tools über Edge-Computing zu ermöglichen, wurde an der Erstellung von Datencontainern gearbeitet.