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Erkennung von Ähnlichkeitsbeziehungen wohldefinierter Muster mit Hilfe regulärer Ausdrücke
Recognition of similarity relations of well-defined pattern using regular expressions
- In der Bachelorarbeit ,,Erkennung von Ähnlichkeitsbeziehungen wohl definierter Muster in Membranproteinen mit Hilfe regulärer Ausdrücke" wurde 32 Pfamfamilien, in Bezug auf Motive, untersucht.Als Grundlage dienten hierfür 50 Sequenzmuster von Gerstein et al. [11]. Die Proteinsequenzen der verwendeten 32 Proteinfamilien, von deren Domänen keine Funktion bekannt ist, wurden auf Beinhalten dieser Muster hin untersucht. Im nächsten Schritt wurde untersucht, welche dieser 50 Muster zusammen in einer Proteinsequenz auftreten, um so die Co - Co- Occurence festzustellen. Anhand der somit erhaltenen häufigsten Paarungen im transmembranen, nichttransmembranen und Transition - Bereich und mit Hilfe von bereits beschriebenen Mustern und Pattern von biologischen Datenbanken, wurde versucht, bestimmten Musterpaarungen aus der Arbeit von Gerstein et al. eine Funktion zuzuordnen bzw. eine Erklärung für ihr Auftreten in den Proteinen zu finden.
Author: | Martin Garbe |
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URN: | urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-30238 |
Document Type: | Bachelor Thesis |
Language: | German |
Date of Publication (online): | 2013/07/23 |
Publishing Institution: | Hochschule Mittweida |
Release Date: | 2013/07/23 |
GND Keyword: | Proteinfamilie; Proteinsequenz; Mustererkennung; Membranproteine |
Institutes: | 03 Mathematik / Naturwissenschaften / Informatik |
DDC classes: | 570 Biowissenschaften, Biologie |
Open Access: | Frei zugänglich |
Licence (German): | Urheberrechtlich geschützt |