OPUS


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Weiterentwicklung eines Programms zur Analyse und Visualisierung von Genexpressionsdaten

further development of a program for analysis and visualization of gene expression data

  • Für die Analyse und Visualisierung von Genexpressionsdaten existiert ein Programm der Firma Biotype® Diagnostic GmbH: der XpressionXplorer. Dieser liest normalisierte Genexpressionsdaten des "GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array" von Affymetrix ein, die von den Datenbanken GEO und ArrayExpress abstammen. Die Genexpressionsdaten stellen eine zentrale Datenstruktur dar, welche sich abstrahiert als Tabelle, mit einer fixen Anzahl von 54.675 Zeilen und einer variablen Anzahl von über 9.000 Spalten, vorstellen lässt. Jede Zeile der Tabelle repräsentiert ein Probeset auf dem GeneChip® und jede Spalte ein Genexpressionsprofil aus einem Microarray-Experiment. Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Weiterentwicklung einer Programmkomponente des XpressionXplorers. Die Programmkomponente hat die Bezeichnung "Differential Expression" und dient zur Entdeckung von Genen, die sich als Biomarker, z. B. von Tumorerkrankungen, eignen. Diese Programmkomponente sollte durch Einbinden einer neuen grafischen Komponente - der VirtualTreeview - erweitertund verbessert werden. Die hauptsächlichen Vorteile dieser VirtualTreeview sind die kurzen Aktualisierungszeiten, die zusätzliche Darstellung in Spalten und die Möglichkeit des interaktiven Bedienens durch die Benutzer.

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Metadaten
Author:Imre Katona
URN:urn:nbn:de:bsz:mit1-opus-41417
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Date of Publication (online):2014/06/10
Publishing Institution:Hochschule Mittweida
Release Date:2014/06/10
GND Keyword:Genexpression; Bioinformatik
Institutes:03 Mathematik / Naturwissenschaften / Informatik
DDC classes:004 Informatik
Open Access:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoEs gilt das UrhG