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Ziel dieser Bachelorarbeit ist es, eine prototypische Software zum Auslesen von Systemdaten Microsoft Windows basierender Systeme zu entwickeln. Hauptsächlicher Bestandteil wird die Softwareentwicklung und speziell die Softwareimplementierung darstellen. Um die benötigten Technologien verwenden zu können und dabei die geforderte Funktionalität zu gewährleisten, muss sich für eine Programmiersprache entschieden werden. Schlussendlich muss klar sein, wie weit die Repräsentation der erhaltenen Systemdaten ausgebaut wird und ob die Speicherung dieser Informationen implementiert werden sollte.
In der vorliegenden Bachelorarbeit werden die Wechselwirkungen von umweltrele-vanten Metallen mit biologischen Komponenten untersucht. Dazu dienen die bak-teriellen Haldenisolate Lysinibacillus sphaericus JG-A12 und Lysinibacillus sp. JG-B53. Diese zeigten bereits in vorangegangenen Untersuchungen sehr hohe Metallbindungs-kapazitäten. Für die Sorptionsversuche werden die Schwer- und Edelmetalle Platin, Palladium, Blei, Cadmium, Europium und Gold und das Halbmetall Arsen verwendet. Durch die Einbeziehung von isolierten Zellwandbestandteilen der Gram-positiven Mikroorganismen, wie z.B. S-Layer-Proteine und Membranlipide sollen genauere Kenntnisse der Sorptionseigenschaften der biologischen Komponenten erlangt werden. Als analytische Verfahren werden die ICP-MS und die QCM-D eingesetzt. Durch einen Vergleich der zwei Bakterien werden unterschiedliche Metallselektivitäten aufgedeckt, die in weiteren Forschungsvorhaben und Anwendungsgebieten Einsatz finden können.
Der Replikationszyklus der Foamyviren zeichnet sich durch zahlreiche Besonderheiten aus. Dazu zählt die reverse Transkription des viralen RNA -Genoms zu einem späten Zeit-punkt im Replikationszyklus, die in einem infektiösen Genom resultiert. Neuste Beobach-tungen lassen vermuten, dass die Protease-vermittelte Prozessierung des Kapsid-Proteins die Aktivität der Reversen Transkriptase (RT) initiiert (Hütter et al., unveröffent-licht). Virale Partikel, die nur aus prozessiertem p68Gag bestehen, weisen eine verminderte Infektiosität auf, was mit einem geringeren intrapartikulären DNA -Gehalt korreliert. Das Fehlen des p3 Gag-Proteins in diesem Ansatz ließ eine stimulierende Wirkung des Proteins auf die RT-Aktivität vermuten. Das Ziel der Arbeit bestand in der Untersuchung des Ein-flusses des p3 Gag-Proteins auf die Infektiosität gebildeter Viruspartikel.
In dieser Arbeit wird der Einfluss verschiedener Zellkulturparameter auf Fibroblasten- induzierte Änderungen im Phänotyp sowie auf die Gefitinib-Sensitivität von OSCC- Zellen in vitro untersucht. Im Ergebnis sollen Erkenntnisse zur Etablierung eines optimierten bzw. standardisierten Modellsystems für die Zellkultur zur Untersuchung von CAF-OSCC-Zellinteraktionen dargestellt werden.
In der vorliegenden Arbeit werden SAOS-2 Zellen, welche auf mikrostrukturierten und ta-C beschichteten Objektträgern adhärierten, anhand von Fluoreszenzmessungen untersucht. Die Identifizirung möglicher Einflussfaktoren auf die Proliferation und Adhäsion der Zelllinie durch mikrostrukturierte undteilbeschichtete Glasobjektträger wird unter Verwendung des Cell Titer Blue Assays und der digitalen Bildverarbeitungs-software CellProfiler untersucht.
The bachelor thesis is about cis-trans isomerization of Xaa-Pro (Xaa = any amino acid), their quantitative acquisition and the selection of 3D structure information for the prediction with a support vector machine (SVM). The quantitative detection of occurrence of cis-, trans- and cis/trans conformation in membrane proteins will be examined and evaluated. The 3D structure informa-tions include 12 features, the amino acids around proline and are including of proline. These include the inside/outside classification, the real secondary structure, energy consideration, as well as five further amino acid occur properties within a defined radius of the proline. From this information, a data set was created for the SVM. This program is used for the prediction of unknown and known Xaa Pro Isomerisms. The methods for the analysis were implemented with the platform independent programming language Java. Two programs have emerged from the work to a Xaa PIPT for the quantitative detection and extracting structural information and m Xaa-PIPT to the pure prediction of Xaa-Pro isomerism in protein structures. 389 Membrane proteins from the PDB (Protein Data Bank) served as a basis. The data were also statistically analysed and evaluated.
In this work a new method for the prediction of the Xaa-proline (where Xaa is any amino acid) cis/trans isomerization was investigated. By extraction of twelve structural features (real secondary structure, inside/outside classification, properties of the environment around proline and proline itself) a support vector machine (SVM) based prediction approach was evolved. The Java software Xaa-PIPT for structural feature extraction was developed. Based on 4397 (2199 cis and 2198 trans) prolines extracted from non-redundant, globular proteins a classifier was trained using the radial basis function (RBF) kernel. In ten-fold cross-validation it achieved an accuracy of 70.0478 % and a Matthews correlation coefficient (MCC) of 0.4223, a sensitivity of 0.5433 and a specificity of 0.8576. Based on this classifier a lightweight and easy-to-use Java software tool, called m Xaa-PIPT, for the prediction of the Xaa-proline cis/trans isomerization was devel-oped. It was shown that there are correlations between the proline surrounding environment and the isomerization state. m Xaa-PIPT can be used for the evaluation of low-resolution protein structures and theoretical models to improve their quality by the prediction of the Xaa-proline isomerization.
Die Zuverlässigkeitstheorie ist ein praxisnahes Forschungsgebiet. In dieser Arbeit wird ein erster Einblick in dieses Themengebiet gegeben und Hilfsmittel zur effektiven Berechnung der K-Zuverlässigkeit vorgestellt. Die vorgestellten Möglichkeiten wurden algorithmisch erfasst, implementiert und anhand der Implementierung einige Test hinsichtlich der K-Zuverlässigkeit durchgeführt.
Die Lokalisation, Aktivität, Funktion, Abbau sowie Synthese von Proteinen werden maßgeblich durch Wechselwirkungen von Proteinen mit weiteren Proteinen, anderen Biopolymeren sowie nie-dermolekularen Molekülen reguliert. Informationen über Art, Stärke und Abhängigkeit der Interak-tionen sind daher von entscheidender Bedeutung für ein umfassendes Verständnis der Prozesse, in die ein Protein involviert ist, sowie den Mechanismen, durch die es reguliert wird. Die umfassende Charakterisierung von Interaktionen von Proteinen in einem gegebenen Proteom (mittlerweile oft als Interaktom bezeichnet) wird der nächste Meilenstein auf dem Weg zum Verstehen der Bioche-mie von den Zellen. Anormale Veränderungen von Protein-Protein- oder Protein-Metabolit-Interaktionen können Ursachen von Krankheiten sein, wohingegen gezielte medikamentöse Beein-flussungen Ansatzpunkte für Krankheitsbehandlungen darstellen. Im Rahmen dieser Masterarbeit wurde das Interaktom der Proteine STAT3, STAT1, BMI1 und CDK9 in humanen embryonalen Nierenzellen (HEK 293T, engl. Human Embryonic Kidney 293T cells) mit einer auf Affinitätsmassenspektrometrie basierenden Strategie untersucht, in der stabile Isotopenmarkierung durch Aminosäuren in Zellkultur (SILAC), in situ Biotinylierung der vier ausgewählten Proteine, Affinitätsanreicherung und massenspektrometrische Analyse verbunden wur-den. Den Schwerpunkt der Arbeit stellte die Optimierung der Datenauswertung dar. Zu diesem Zweck wurde eine Software entwickelt, die ein Protein-Protein Interaktionsnetzwerk aus Interaktionsdatenbanken um das jeweils zu untersuchende Protein erstellt und mit Hilfe von einer Meta-Datenbank und dem Protein-Protein Interaktionsnetzwerk die signifikanten Bindungspartner der Analyse selbstständig ermittelt. Die ermittelten Bindungspartner sollten mit Dreieck-Netzwerk-Motiven und komplementären Daten nachprozessiert bzw. nachevaluiert werden. Mit der PIPs Datenbank sollten alle Ergebnisse verglichen und evaluiert werden, weil diese Datenbank einen ähnlichen Ansatz mit komplementären Daten verfolgt und bereits seit einigen Jahren etabliert ist.
After the expression of the titin-Hsp27-construct with the following purification supplies no satisfied results which makes the realization of the atomic force microscopy not possible. The devel-opment of the structure model by using different bioinformatic methods can establish a model for the protein sequence. As bioinformatic methods the template search by different BLAST runs and free available software like SwissModel, Pcons, ModWeb and other tools are used. Nevertheless, the generated model is not the native conformation and has to be analyzed with other software until a stable conformation of the structure can be predicted. Depending on the time which is provided the generated model is a good approach for the aim this master thesis has.
Ziel der Masterarbeit ist die Erstellung eines offenen Konzeptes zur Konfiguration und Parametrisierung von Schnittstellen beliebiger Software-Anwendungen, insbesondere integrierter Portal-Lösungen, mit dem Ziel der Datenintegration unter Nutzung und evolutionärer Weiterentwicklung des RemarcR Enterprise Integration Framework (EIF). Hierfür werden verschiedene Programmier-Paradigmen aus dem Enterprise-Umfeld und deren Umsetzung innerhalb der Eclipse-Plattform betrachtet und die erarbeiteten Technologien zur Entwicklung einer Architektur für ein Konfigurations-Framework herangezogen, das als Teil des EIF den bidirektionalen Datenaustausch zwischen verschiedenen Anwendungen optimal unterstützt. Die Evaluation des erarbeiteten Konzeptes soll mit Hilfe eines Prototyps am Beispiel der Integration des CAD-Systems Siemens NX, des PDM/PLM-Systems Siemens Teamcenter und des CSM-Systems RemarcR erfolgen.
Automatisierung von Arbeitsabläufen im Bereich Lohn- und Gehaltsabrechnung auf Basis von P&I LOGA
(2012)
In der vorliegenden Arbeit sollen Möglichkeiten analysiert werden, wie Abrechnungsläufe und andere Arbeiten im Umfeld der Lohn- und Gehaltsrechnung mit P&I LOGA optimiert werden können. Hierzu wird mit dem Modul P&I LOGA Batch-Jobs eine Jobsteuerung eingeführt. Diese wird im Verlauf der Arbeit eingerichtet und an die Bedingungen bei der Dölle Informationssysteme GmbH angepasst. Außerdem wird eine Software konzipiert und implementiert, mit welcher die Verwaltung von Jobs einfacher durchgeführt werden kann und die Nutzung von Skripten innerhalb eines Jobs ermöglicht wird.
Die vorliegende Arbeit gliedert sich in zwei Themengebiete. Im ersten Teil wurden anaerobe, thermophile, lignocellulolytische Mikroorganismen aus dem Thermalsee Héviz in Ungarn mit Weizenstroh angereichert, wobei der Abbau des Strohs mit verschiedenen analytischen Methoden verfolgt wurde. Der zweite Teil der Arbeit beschäftigt sich mit der Abschätzung der Zellzahl von Eisenoxidierern, sowie Eisen- und Sulfatreduzierern in drei verschiedenen Laborreaktoren mittels der „Most probable Number“-Methode