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Mit dieser Arbeit wird eine Methodik vorgestellt, strukturbiologische Netzwerke auf der Basis von Experimenten zur Affinitätsaufreinigung mit gekoppelter Massenspektrometrie zu generieren. Zur Anwendung kommen dafür verschiedene spezialisierte Tools in einem strukturierten Workflow. Es wird damit eine Möglichkeit geboten, anhand der Sequenz- und Interaktions-Informationen der analysierten Experimente ein strukturelles Protein-Protein-Interaktions-Netzwerk zu generieren.