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Für die Analyse hochkomplexer CID-Spektren und die Aufklärung von Zusammensetzungen verschiedener Einzelverbindungen aus Gemischen in nicht CID-Spektren einer FT-ICR-Massenspektrometrie, können Graphen für die Analyse genutzt werden. Die vorliegende Masterarbeit beschäftigt sich mit der Etablierung einer Methode die hochkomplexen MS-Daten ohne die Notwendigkeit von Expertenwissen automatisiert zu Analysieren. Für die Darstellung werden weiterhin Visualisierungsmöglichkeiten der Graphen und das Alignment der Graphen mit einem selbst implementierten Java-Programm vorgestellt.