570 Biowissenschaften, Biologie
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Proteins are involved in almost every aspect of life, mediating a wide range of cellular tasks. The protein sequence dictates the spatial arrangement of the residues and thus ultimately the function of a rotein. Huge effort is put into cumbersome structure eludication experiments which obtain models describing the observed spatial conformation of a protein, enabling users to predict their function, to understand their mode of action or to design tailored drugs to cure disease caused by misfolded or misregulated proteins.
However, the result of structure determination experiments are merely models of reality, made under simplifying assumptions - sometimes containing major undetected errors. On the other hand, such experiments are resource demanding and they cannot supply the actual demand.
Thus, scientists are predicting the structure of proteins in silico, resulting in models that are even
more prone to error.
In consequence, the structure biologists search after a practicable definition of structure quality and over the last two decades several model quality assessment programs emerged, measuring the local and global quality of peculiar structures. Seven representatives were studied, regarding the paradigms they follow and the features they use to describe the quality of residues. Their predications were compared, showing that there is almost no common ground among the tools.
Is there a way to combine their statements anyway?
Finally, the accumulated knowledge was used to design a novel evaluation tool, addressing problems previously spotted. Thereby, high quality of its predication as well as superior usability was
key. The strategy was compared to existing approaches and evaluated on suitable datasets.
As widely discussed in literature spatial patterns of amino acids, so-called structural motifs, play an important role in protein function. The functional responsible part of a protein often lies in an evolutionary highly conserved spatial arrangement of only few amino acids, which are held in place tightly by the rest of the structure. In general, these motifs can mediate various functional interactions, such as DNA/RNA targeting and binding, ligand interactions, substrate catalysis, and stabilization of the protein structure.
Hence, characterizing and identifying such conserved structural motifs can contribute to understanding of structurefunction relationships in diverse protein families. Therefore and because of the rapidly increasing number of solved protein structures, it is highly desirable to identify, understand and moreover to search for structural scattered amino acid motifs. The aim of this work was the development and the implementation of a matching algorithm to search for such small structural motifs in large sets of target structures. Furthermore, motif matches were extensively analyzed, statistically assessed and functionally classified. Following a novel approach, hierarchical clustering was combined with functional classification and used to deduce evolutionary structure-function relationships. The proposed methods were combined and implemented to a feature-rich and easy-to-use command line software tool, which is freely available and contributes to the field of structural bioinformatic research.
The cultivation of mammalian cells in the third dimension has a great potential for a
wide application in regenerative medicine, pharmaceutical industry or cancer research.
An overview about actual 3-D cultivation techniques like hydrogels and porous scaffolds as well as their various materials and modifications is given in this thesis. Also different products and their implementation for a new application of 3-D cell
culture in a laboratory are described.
Diese Masterarbeit befasst sich mit der Entwicklung einer Knowledge Base für die Integration von biologischen Daten des Forschungsprojekts CyanoFactory. Ziel des Projekts ist die Verbesserung der Wasserstoffproduktion von Cyanobakterien, speziell vom Modellorganismus Synechocystis sp. PCC 6803. Als Basis für diese Knowledge Base soll ein Data Warehouse verwendet werden. Mehrere existierende Data Warehouse-Systeme für biologische Daten werden vorgestellt, evaluiert und eines für die Anforderungen von CyanoFactory angepasst.
Die Produktion von Biowasserstoff mit unterschiedlichen Mikroorganismen ist einer der vielversprechendsten Wege, kostengünstig und umweltschonend molekularen Wasserstoff für die Wirtschaft zu gewinnen. Es existieren bereits viele Arbeiten zu diesem Thema. Die Komplexität und Vielfalt der Möglichkeiten ist jedoch bei weitem nicht ausgeschöpft. Die Optimierung der bestehenden Methoden steht daher momentan im Vordergrund der Forschung. Daher befasst sich diese Arbeit mit der Optimierung der Kultivierungsbedingungen des Organismus Rhodobacter sphaeroides im kontinuierlichem Betrieb. Hauptsächlich sollen die Durchflussraten sowie die Glutaminsäurekonzentration für den Chemostat angepasst werden. Außerdem erfolgten einzel-ne Versuche zur Optimierung der Wasserstoffausbeute.
Ziel der Arbeit ist es die DNA-Isolate von Teilen der Bevölkerungsgruppen aus Ghana (Ewe) und Äthiopien (Amharen) bezüglich ausgewählter mitochondrialer Single nucleotide Polymorphisms (mtSNPs) zu untersuchen. Bis zum jetzigen Zeitpunkt wurden anhand vorliegender DNA-Isolate autosomale STR- und z.T. Y-STR Analysen durchgeführt. Die Erkenntnisse aus den STR-Analysen sollen nun durch Absichten einer populationsgenetischen Studie anhand von mtDNA-Analysen an einem umfangreichen Probenset durchgeführt werden. Das mtSNP-System, sowie die Durchführung basieren auf Teilinformationen der Veröffentlichung von Paneto et al. aus dem Jahr 201 1. Die Auswertung der mtSNP-Profile erfolgt mittels eines bereits publizierten Multiplexsystems zur Haplogruppenklassifikation
Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde das Biofilmwachstum auf Basaltfaser, Glasfaser und Polyesterfaser verglichen. Ausgehend von den Fasern wurden diese als Aufwuchsträger in Form eines Gewebes verarbeitet. Um die verschiedenen Aufwuchsträger hinsichtlich ihrer Eignung zu bewerten, wurde eine Beschreibung der Biofilmentwicklung vorgenommen, die Zellzahl aus den Biofilmausschnitten und die Biomasse auf den Geweben bestimmt. Zusammenfassend zeigten die Untersuchungen auf den Polyester-Geweben das geringste Biofilmwachstum. Auf den Basaltgeweben konnte die stärkste Biofilmentwicklung nachgewiesen werden. Die Untersuchungsergebnisse der Glasgewebe lagen im Mittefeld. Schlussfolgernd wurde die Abhängigkeit der Biofilmentwicklung von dem Material- und dem Struktureinfluss der Aufwuchsträger festgestellt. Unterschiede in der mikrobiellen Zusammensetzung der Berieselungswässer wurden mit der Acridinorangefärbung der Zellen aus Biofilmausschnitten aufgezeigt.
Indieser Arbeit werden Einflussfaktoren der Wasserstoffentstehung bei Rhodobacter sphaeroidesStamm 2.4.1 auf Genom- undTranskriptomebene untersucht. Zudiesem Zweck wurden eine Re-Sequenzierung sowie die Sequenzierung desTranskriptoms durchgeführt. DieDaten wurden anschließend bioinformatisch ausgewertet. Langfristiges Ziel ist die Optimierung derFermentationsbedingungen von Rhodobacter. DieAusbeute entstehenden Wasserstoffs soll maximiert werden, um dasGas als alternativen Energieträger verwenden zu können.
The almost complete transcription of the human genome yield in a high number of transcripts, that do not encode proteins. However, the functional elucidation of especially long non cod-ing RNAs is still difficult. Secondary structure analysis is assumed to be a possible method to detect functional relationships of lncRNAs on a large scale, but it is still time consuming and error-prone. GRAPHCLUST, the currently most suitable clustering tool based on RNA secondary structure analysis, lacks mainly in an efficient method for the interpretation of its results. Hence, an independent and interactive RNA clustering interpretation tool was developed to allow visu-alisation and an efficient analysis of RNA clustering results.
Membranproteine sind essentiell für viele lebenswichtige Prozesse in allen Organismen. Es ist hilfreich ihre Struktur aufzuklären, um ihre Funktionen und die diesen zu Grunde liegenden Mechanismen zu verstehen. Untersuchungen haben gezeigt, dass es kurze Motive gibt, die in a -helikalen transmembranen Proteinen allgegenwärtig sind. Es wird vermutet, dass diese Sequenzabschnitte elementare Eigenschaften besitzen, die die Stabilität und eventuell auch die Funktionen dieser Proteine ausmachen. In dieser Arbeit wurden die Interaktionen und die Beschaffenheit dieser Motive untersucht. Auf der Grundlage verschiedener Datenbanken konnte ein Informationsalmanach erstellt werden, der relevante Informationen zu jedem Motiv enthält. Mit einer Applikation können diese Daten visualisiert werden. Die so generierte Darstellung ist eine Möglichkeit, Proteine auf Grundlage von Motiven genauer zu analysieren. Eine Untersuchung von Motiven aus verschiedenen Proteinfamilien erbrachte weitere Einblicke. Es hat sich gezeigt, dass es Motive gibt, die vorrangig für die Aufrechterhaltung der Struktur verantwortlich sind und solche, die für eine Funktion wichtig erscheinen. Es existieren Motive, die in allen Proteinfamilien vorkommen, jedoch in jeder eine veränderte Zusammensetzung zeigen. Trotzdem scheinen sie in allen Familien die gleichen Auswirkungen zu haben. Andere Motive sind nur in bestimmten Proteinfamilien hoch konserviert und wahrscheinlich für eine Funktion spezifisch. Auf dieser Grundlage wurde eine Methode entwickelt, die einen Vergleich zwischen den Familien ermöglicht.
Gegenstand dieser Arbeit sind Untersuchungen zur Bildung des Harpagosids in der Teufelskralle bei Einwirkung verschiedener Faktoren(Stress, Hormone, Umwelt, Pilze). Ziel der Untersuchungen ist es, richtungsweisende Aussagen zu geeigneten Einflussfaktoren zu treffen, die eine Steigerung des Harpagosidgehaltes ermöglichen.
Hormonelle Belastungen in Grund-, Oberflächen und Trinkwasser sind weitreichend bekannt. Die daraus resultierenden Einflüsse auf das endokrine System bei Mensch und Tier, besonders durch das endogene Steroidhormon 17b -Estradiol (E2), sind bewiesen und führen unter anderem zu Feminisierung, Dezimierung von Spermien und kann als Indikator bei Brustkrebs wirken. Bisherige Filteranlagen können die rückstandslose Entfernung von pharmakologisch wirksamen Stoffen und deren Rückstände aus den Oberflächen-, Grund- und Trinkwässern nicht gewährleisten. Ein neuartiger Reinigungsansatz auf Aptamer-basis sollte untersucht werden und dessen Potential E2 aus belasteten Gewässern zu entfernen. Das bereits existierende und E2 selektive DNA Aptamer wurde in silico durch molekular dynamischen Simulationen untersucht um möglich Bindungsstellen zu identifizieren. Das ssDNA Aptamer wurde in die robustere PNA überführt. Diese soll anstelle der DNA in das Filtersystem integriert werden und in vivo Einsatz getestet werden.
Diese Bachelorarbeit mit dem genannten Thema beschäftigt sich mit der Analyse von Transkriptionsfaktoren. Das sind DNA - bindende Proteine, welche die Stärke der Transkription beeinflussen können und somit positive als auch negative Auswirkungen auf die Genexpression haben. Die meisten solcher Bindestellen befinden sich im Bereich -500 bis 100 bp relativ zur Startstelle der Transkription. Außerdem findet ein Vergleich dieser regulatorischen Regionen zwischen den Spezies Mensch, Maus und Ratte statt. Dieses Verfahren wird phylogenetisches Footprinting genannt.
Implementierung eines Algorithmus zur automatisierten Lane-Entzerrungauf Gelelektrophorese-Blots
(2014)
Diese Bachelorarbeit beschäftigt sich mit Entwicklung und Implementierung eines Algorithmus zur automatisierten Entzerrung von Gelelektrophorese-Blots. Dazu werden zuerst Algorithmen für die Detektion der Lanes und Banden vorgestellt. Danach werden Möglichkeiten für die Erkennung von Verzerrungen, die Korrektur des Laneverlaufs und schließlich der Entzerrung der Lane vorgestellt.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden Informationen zur standardisierten Differenzierung von lederbefallenden Schimmelpilzen zusammengetragen. Anlass dazu liefert das Forschungsinstitut für Leder und Kunstbahnen (FILK). Schimmelpilze befallen die Lagerbestände und müssen schnellst möglichst sowie kostengünstig identifiziert werden, um entsprechende Gegenmaßnahmen einzuleiten und Personal ausreichend zu schützen. Dazu wurde eine frei verfügbare Webseite eingerichtet die mikros- und makroskopische, sequenzielle und molekularphylogenetische Bestimmungsmerkmale enthält. Auf den informationsgebenden Seiten zu mikros- und makroskopisch sind bekleidende Abbildungen sowie Schablonen hinterlegt. Zudem sind die Daten der Pilzelemente aufgelistet, die zur Differenzierung dienen. Die Informationssammlung und Ausarbeitung der Daten zum Bereich sequenziell und der molekularphylogenetischen Bestimmungsmerkmale ist Grundlage einer anderen Arbeit der Hochschule Mittweida und wurde durch Zusammenarbeit ebenfalls auf die Seite integriert. Auf den folgenden Seiten sind Grundlagen der Schimmelpilze und die Herangehensweise der Schimmelpilzdiagnostik von interessierenden Schimmeln beschrieben. Zudem ist die Ergebnisdarstellung durch die Webseite erläutert.
Ziel dieser Arbeit waren Untersuchungen zur heterologen Expression von Magnetosomen-Genclustern aus kultivierten sowie unkultivierten magnetotaktischen Bakterien (MTB). Die 30-120 nm großen Magnetosomen sind durch ihre Vorteile gegenüber chemisch synthetisier-ten Partikeln von biotechnologischem, medizinischem und technischem Interesse. Basierend auf Metagenomanalysen konnten Magnetosomen-Gene unkultivierter MTB identifiziert wer-den, welche der Konstruktion eines 23.392 bp großen Expressionsplasmids mittels Red/ET-Rekombination dienten. Für diesen Vektor sowie ein weiteres Magnetosomenplasmid, welches das mamAB-Operon des kultivierten a -Proteobakteriums M. gryphiswaldense beinhaltet, wurde eine Instabilität in verschiedenen Rezipientenstämmen nachgewiesen. Aufgrund der Stabilität in RecA deffizienten E. coli-Mutanten wurden RecA induzierte Rekombinationsereignisse als Ursache der Instabilität vermutet.
The main purpose of this Bachelor thesis was to find and to compile comprehensive information on barley genes expressed in the context of pollen embryogen esis. In the present study, this approach was confined to genes that were previously known to be associated with the initiation of embryogenesis in different plant species. First, candidate transcript sequences were identified in barley. Second, transcript and associated genomic sequences were analyzed in silico to provide suitable structural and functional annotations. Finally, the results of one representative example are presented and interpreted in detail. This work aims to contribute to a significantly improved understanding of pollen embryogenesis - a biological phenomenon broadly used for haploid technology in crop improvement.
The study “Proteomic and systems biological database analysis of changed proteins from rat brain tissue after diving “ is about system biological testing of proteomic data obtained by rat brain after experimental diving in a pressure chamber. Basically, brain tissue from animal decompression sickness (DCS) was analyzed by mass spectrometry and has given two larger sets of modified proteins. Thereupon, the resulting up- and down-regulated proteins wereidentified and later compared by means of systems of biological databases, in this case GeneGo MetaCoreTM, in order to find similar or various affected cell biological signaling pathways when two different mass-spectrometry methods were compared.
Zur Optimierung der schnellen Messung des pH-Wertes in Ackerböden wurden verschiedene Bodenproben angelehnt an das DIN-Verfahren mit der Antimonelektrode untersucht. Darüber hinaus wurde die Messzeit auf eine Minute verkürzt und das Volumen der Extraktionslösungen reduziert, um den späteren Chemikalieneinsatz auf dem Feld zu reduzieren. Zur Untersuchung interferierender Matrixeffekte wurden die elektrische Leitfähigkeit, das Redoxpotenzial sowie die Ionengehalte der einzelnen Bodenproben ermittelt. Verschiedene auftretende Effekte wurden mittels des Standard-additionsverfahrens näher charakterisiert und aufgeklärt.
Diese Arbeit befasst sich mit dem Vergleich und der Optimierung verschiedener Primerdesigns zur Detektion von SNPs mittels Allel-spezifischer PCR. Dabei wurden zwei verschiedene Primerdesigns erzeugt, die auf der Grundlage eines zuvor auf Funktionalität getesteten Primerdesigns basieren. Zur stärkeren Signal-Auftrennung wurde dem zweiten Primerdesign ein Tail hinzugefügt. Das dritte Primerdesign besteht aus einer Ankersequenz (Tm > 75°C), einem nicht zur genomischen Sequenz komplementären Spacer und einem Sequenz-spezifischen 3‘-Ende. Dabei wurde die Orientierung der Primer aufgrund der Nachbar-SNPs von A2690C geändert. Die Sequenzierung ergab keine weiteren Mutationen, außer den gewünschten, innerhalb der Primer-Konstrukte. Somit wird die Erzeugung von Nullallelen nur durch die Fehlpaarung einer Base hervorgerufen. Die Funktionalität des Primerdesign 3 konnte nicht bestätigt werden. Im Vergleich schneidet das Primerdesign 1 etwas besser ab als das Primerdesign 2. Der Ausfall tritt dabei beim Primerdesign 1 schon ab einer Annealing-Temperatur von 67°C ein. Zudem entfällt die Erzeugung und der Abgleich des Tails mit den entstehenden Produkten. Für die Multiplex-PCR ist eine Kombination beider Primerdesigns denkbar und vermutlich sinnvoll, da über die Tail-Sequenzen Manipulationen zur Anpassung der Eigenschaften der Primer vorgenommen werden können und die Abstimmung zwischen verschiedenen SNP-Primer-Trios gegebenenfalls erleichtert wird. Bestätigt sich die Funktionalität der Allel-spezifischen PCR im Multiplex-Verfahren, so könnte diese Methode die in der Rechtsmedizin übliche Single Base Extension ablösen. Dadurch würde sich eine starke Senkung der Kosten und des Zeitaufwandes ergeben.
This Bachelor thesis provides an experimental validation of the “si-Fi” software, which was designed for RNAi off-target searches and silencing efficiency predictions. The experimental approach is based on using synthetic DNA as RNAi-target as well as RNAi-trigger sequence. The data was generated by two different types of experiments using a transient gene silencing system in bombarded barley epidermal cells. The efficiency of RNAi was estimated by scoring the effect of silencing of the susceptibility-related gene Mlo on resistance of transformed cells to the powdery mildew fungus Blumeria graminis f. sp. hordei by observing reduction of fluorescent signals coming from an RNAi target fused to the green fluorescent protein. The aim of this work was a comparison between in silicio prediction of RNAi efficiency and off-target effects in barley and experimental data.
nicht vorhanden
Das Kemmlitzer Kaolinwerk baut Kaolin im Tagebau ab und veredelt dieses durch einen Schlämmprozess vor Ort. Zur Erhöhung und Sicherung der dadurch erlangten Güte soll der Schlämmprozess durch die Verwendung von vollentsalztem Wasser verbessert werden. Dieses soll in Eigenversorgung aus Brunnenwasser hergestellt werden. Die Anforderungen an den dazu notwendigen Wasseraufbereitungsprozess sind: · Erfüllung der Qualitätsansprüche an das vollentsalzte Wasser · Kostengünstige Lösung · Kontinuierlicher Betrieb · Verringerung der Risiken für die Umwelt · Bestmögliche Anpassung der Lösung an den Automatisierungsgrad der Produktion, das Qualifikationsprofil der Mitarbeiter und die Organisationsstruktur vor Ort Ziel der vorliegenden Arbeit ist es die verfahrenstechnischen Alternativen zur Gewinnung von vollentsalztem Wasser zu benennen und anhand der formulierten Anforderungen zu bewerten. Untersucht werden die Entsalzungsverfahren mittels Umkehrosmose und Ionenaustauscheranlage bzw. die Vorbehandlungsverfahren mittels verschiedenen Ansätzen zur Enteisenung und Entmanganung. Eine Vorbehandlung mittels Oxydationseinheit, Kiesfilter und Anti-Scalant wird mit einem energieeffizienten Umkehrosmoseverfahren kombiniert und anschließend technisch und wirtschaftlich bewertet.
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Sequenzanalyse der für die Legionellose relevanten Schlüsselproteine der Organismen Legionella anisa, Legionella drancourtii und Legionella shakespearei, sowie mit in vitro-Kultivierungsexperimenten der Spezies Legionella pneumophila ATCC 33152. Zunächst wurden die gesetzlichen Gegebenheiten der Legionellenproblematik und die biologischen Hintergründe betrachtet, darunter die intrazellulären Mechanismen der Legionellose. Die Ergebnisse der Arbeit beinhalten Informationen über die Schlüsselproteine der drei Legionellen Spezies und deren mögliche Pathogenität.
In dieser Arbeit wurde die Interaktion der Proteine Tau und SUMO untersucht. Für die Charakterisierung wurde zuerst die Methode der Bimolekularen Fluoreszenzkomplementation für das untersuchte System eingeführt, bei der ein geteiltes fluoreszierendes Protein durch eine Interaktion von Proteinen vervollständigt wird und ein Signal durch mikroskopische Auswertung detektiert werden kann. Nach verschiedenen Tests zur Funktionalität der Methode erfolgten Lokalisationsuntersuchungen der Proteine während einer Interaktion und bei alleiniger Expression in der Zelle.
In dieser Arbeit werden die Auswirkungen des Probentransportes von Warmwasser auf die mikrobiologischen Analyseergebnisse für Legionellen erläutert. Dazu werden entsprechende Grundlagen zur Legionellenproblematik, Vergleiche mit der Norm zum Probentransport, die experimentelle Durchführung und anschließend Ergebnisse der Untersuchungen aufgeführt. Die Ergebnisse werden wissenschaftlich ausgewertet, eine Datengrundlage für die bestehenden Normen erstellt und Empfehlungen für zukünftige Untersuchungen beschrieben.
Das Zervixkarzinom ist die dritthäufigste Krebserkrankung bei Frauen weltweit. Verursacht wird das Karzinom und seine Vorstufen CIN I-III durch eine Infektion mit einem Hochrisikotypen der Humanen Papilloma Viren. Die derzeitige Gebärmutterhalskrebsvorsorge basiert auf dem zytologischen Pap-Abstrichstest und hat in den letzten Jahren durch eine Steigerung der Erkennungsrate die Mortalität auf Grund der Erkrankung gesenkt. Leider ist dieser Test durch viele subjektive Faktoren, wie die Abstrichnahme und die Beurteilung der Zellen sehr fehleranfällig und kann lediglich eine Erkennungsrate von 53% aufweisen. Die Etablierung von molekularen Markern auf Basis der Methylierung kann in diesem Zug als Ergänzung oder letztendlich als Ersatz das Vorsorgesystem der Krebsfrüherkennung bereichern. Die DNA-Methylierung kann dabei Einfluss auf die Tumorentstehung und Entwicklung haben. Die Base Cytosin wird dabei in CpG-Dinukleotiden in CpG-Inseln durch die DNA-Methyltransferase in 5-Methylcytosin umgewandelt. Häufig findet sich so eine untypische Hypermethylierung in CpG-Inseln in Promotorregionen von Genen, unübliche Methylierungsmuster können also ein Indiz für das Vorliegen eines Tumors oder einer Krebsvorstufe sein und kann in der molekularen Krebsdiagnostik genutzt werden um histologisch auffällige Regionen zu detektieren. Die Markerregionen ASTN1, SSTR1 und TRH wurden im Zuge dieser Arbeit in Hinblick auf ihre Methylierung mittels der Next-Generation-Sequenzierung untersucht und ausgewertet. Die Verbesserung der Sensitivität und Spezifität der Marker stand dabei im Vordergrund.
Die folgende Arbeit beschreibt die ganzheitliche Ernährungsberatung mit Hilfe der Analysen von zwei verschiedenen Ernährungsberatungsstellen und deren spezifischen Zielgruppen. Das Thema wird durch praktische Erfahrungen im Kochkurs vervollständigt und mit aussagekräftigen Beschreibungen, Darstellungen und Beispielen untermauert. Die wissenschaftlichen Untersuchungen verdeutlichen die Wechselwirkung zwischen Theorie und Praxis.
In dieser Arbeit wurden die zwei isothermalen Amplifikationsmethoden Recombinase Polymerase Amplification und Loop-mediated isothermal amplification hinsichtlich ihrer Anwendung in einem diagnostischen Teststreifensystem analysiert. Des Weiteren wurden die Bindungseigenschaften des Proteins RecA untersucht, um dieses zur Hybridisierung einer Sonde in ein amplifiziertes Produkt zu nutzen. Dadurch soll die Spezifität der Amplifikationsmethode erhöht werden.
Im Teil 1 der vorliegenden Arbeit werden drei Prüfmuster auf ihre Gesamtkeimzahl (Alle koloniebildenden Einheiten, zuzüglich Hefen und Schimmelpilze) und spezifizierte Mikroorganismen validiert. Dabei werden die Parameter Richtigkeit, Präzision, Selektivität, Robustheit und die Bestimmungsgrenze überprüft. Nach Erstellung eines Validierungsplans findet, die auf das Produkt angepasste, Durchführung statt. Ergebnisse und Bewertungen werden in einem Validierungsbericht zusammengefasst. Für alle drei Prüfmuster konnten, bei Anwendung der individuellen Methode, die vorgegebenen Testorganismen nachgewiesen und das Verfahren bestätigt werden. Somit können die Methoden in der Routine angewendet werden. Teil 2 beschreibt den Vorgang einer Excel-Validierung für das Arbeitsblatt zur „mikrobiellen Wertbestimmung von Antibiotika“. Es wird ebenfalls ein Validierungsplan erstellt. Ergebnisse und Auswertungen werden in einem Bericht festgehalten. Ein Excel-Arbeitsblatt dient der optimalen Erfassung von Daten und deren Auswertungen für den Routinebetrieb, ohne die Qualität der Ergebnisse zu beeinträchtigen. Mit der Validierung konnte dies bestätigt werden. Verwendete Formeln erfüllen die Vorgaben. Die Musterberechnung anhand dreier potentieller Proben stimmt mit den Ergebnissen des Excel-Arbeitsblatts überein. Alle Zellen, bis auf grün markierte Eingabezellen, wurden gesperrt. Die farbliche Unterscheidung der Zellen erfolgte nach Funktionalität und erfüllt die angestrebte Signalwirkung.
In der Bachelorarbeit ,,Erkennung von Ähnlichkeitsbeziehungen wohl definierter Muster in Membranproteinen mit Hilfe regulärer Ausdrücke" wurde 32 Pfamfamilien, in Bezug auf Motive, untersucht.Als Grundlage dienten hierfür 50 Sequenzmuster von Gerstein et al. [11]. Die Proteinsequenzen der verwendeten 32 Proteinfamilien, von deren Domänen keine Funktion bekannt ist, wurden auf Beinhalten dieser Muster hin untersucht. Im nächsten Schritt wurde untersucht, welche dieser 50 Muster zusammen in einer Proteinsequenz auftreten, um so die Co - Co- Occurence festzustellen. Anhand der somit erhaltenen häufigsten Paarungen im transmembranen, nichttransmembranen und Transition - Bereich und mit Hilfe von bereits beschriebenen Mustern und Pattern von biologischen Datenbanken, wurde versucht, bestimmten Musterpaarungen aus der Arbeit von Gerstein et al. eine Funktion zuzuordnen bzw. eine Erklärung für ihr Auftreten in den Proteinen zu finden.
EIIa in Ferrovum sp. JA12
(2012)
Der schnelle und sichere Nachweis von multiresistenten gramnegativen Bakterien ist eine Voraussetzung, um deren Ausbreitung einzudämmen. Die Untersuchung verschiedener mikrobiologischer Methoden zum Nachweis von ß-Lactamasen, insbesondere ESBLs und Carbapenemasen, erfolgte beispielhaft an den gram-negativen Bakterien Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter spp., Acinetobacter spp. und Pseudomonas aeruginosa. Die als Grundlage für die Antibiotika-Empfindlichkeitsbestimmungen dienenden Breakpoints werden sowohl von der CLSI als auch von der EUCAST festgelegt. Jedoch sind nur im aktuellen Normensystem der CLSI Kriterien zum Nachweis von ESBLs und Carbapenemasen angegeben. Der über die Automatensysteme durchgeführte ESBL-Bestätigungstest hat eine ausreichend hohe Spezifität und Sensitivität für K. pneumoniae. Hingegen ist bei K. oxytoca und Enterobacter spp. der DD-Synergietest zum Nachweis von ESBL-Bildung erforderlich. Auch wenn nach einer neuen Empfehlung die gramnegativen Bakterien anhand von Leitsubstanzen in MRGNE und nicht-MRGNE eingeteilt werden, bleiben die ESBL-Bestätigungstests weiterhin sinnvoll, denn Fluorchinolon- und Carbapenem-sensible ESBL-Bildner würden nicht als MRGNE eingestuft werden. Bei Carbapenemase-Verdacht steht der modifizierte Hodge-Test zum Nachweis von Carbapenemase-Aktivität zur Verfügung. Dieser sollte bei Enterobacteriaceae mit Meropenem und bei nicht-Enterobacteriaceae mit Imipenem durchgeführt werden. Eine nähere Spezifizierung der Carbapenemase kann mit verschiedenen Zusatztests, wie dem MBL-Etest oder dem KPC/MBL Identifikations-Kit, erfolgen.
Inhalt dieser Arbeit ist die Inaktivierung der Bakterienspezies Pseudomonas fluorescensmit atmosphärischem Plasma. Dazu wurde der verwendete Plasmagenerator in seinen physikalischen Eigenschaften charakterisiert. Mit Parametervariationen des Plasmas wurden die Pseudomonadenbehandelt und ihr Wachstumsverhalten beobachtet.
Proteins are macromolecules that consist of linear-bonded amino acids. They are essential elements in various metabolic processes. The three-dimensional structure of a protein is determined by the order of amino acids, also referred to as the protein sequence. This conformation corresponds to the structural state in which the protein is functionally active. However, relationships between protein sequence, structure and function have not been fully understood yet. Additionally, information about structural properties or even the entire protein structure are crucial for understanding the dynamics that define protein functionality and mechanisms. From this, the role of a protein in its molecular context can be described closely. For instance, interactions can be investigated and comprehended as a biological dynamic network that is sensitive to alternations, i.e. changes which are caused by diseases. Such knowledge can aid in drug design, whereas compounds need to be specifically tailored and adjusted to their molecular targets. Protein energy profile-basedmethods can be applied to investigate protein structures concerning dynamics and alternations. The publications enclosed to this work discuss in general the scientific potentials of energy profilebased techniques and algorithms. On the one hand, changes in stability caused by protein mutations and proteinligand interactions are discussed in the context of energy profiles. On the other hand, energetic relations to protein sequence, structure and function are elucidated in detail. Finally, the presented discussions focus on recent enhancements of the eProS (energy profile suite) database and toolbox. eProS freely provides all elucidated methodologies to the scientific community. Thus, one can address biological questions with the presented methods at hand. Additionally, eProS provides annotations related to foreign databases. This ensures a broad view on biological data and information. In particular, energetic characteristics can be identified which contribute to a protein’s structure and function.
Eine schnelle und zuverlässige C. difficile Diagnostik ist essentiell für die Einleitung geeigneter Therapiemaßnahmen. Bis heute wurde weltweit keine Standardisierung für die Labordiagnostik festgelegt. Jede Untersuchungseinrichtung muss sich selbst aus der Fülle der auf dem Markt vorhandenen Methoden für einen Algorithmus entscheiden. In der Literatur sind unzählige Vorschläge getesteter Verfahrens-Kombinationen mit ihren Leistungsdaten zu finden. Innerhalb dieser Arbeit wurden verschiedene Methoden aufgegriffen und miteinander verglichen. In diesem Zug fand auch die Evaluierung eines neuen Testverfahrens statt. Zusätzlich sollte die Diagnostik des mikrobiologischen Laboratoriums der Zentrum für Diagnostik GmbH Chemnitz analysiert und gegebenenfalls verbessert werden.
The larval zebrafish mutant Knörf has got a not yet identified gen, which is lethal after 14 dpf in a homozygous state. The mutation courses various degenerations and the loss of the regeneration ability. One of these degenerations was first discovered in the retina by a histological section. The mutants retinas show gaps in the IPL at 7 and 8 dpf which number increases during the maturation of the larva. In recent studies a pax 6 staining was performed, which showed that amacrine cells areaffected. Different types of amacrine cells were tested and it was shown that the parvalbuminergic amacrine cells disappear. The staining was performed in a time course. At 5 dpf is no difference between the number of parvalbuminergic amacrine cells in siblings and mutants but then the degeneration starts. At 2 dpa there is thefirst significant difference which increases at later stages and leads nearly to a full disappearance of these cells in the eye. Parvalbumin is not only present in the retina, therefore the brain as another central nervous system structure was examined. In the telencephalon these cells disappear already at 2 dpa. The parvalbuminergic cells are also present in the skeletal muscle of the tail. Here the degeneration starts approximately at the half of the tail and intensifies to distal areas. It was shown, that parvalbuminergic cells in the muscle disappear until 4dpa. The role of parvalbumin is seemed in the binding ofcalcium and therefore it supports the adjustment of the resting potential after an excitation in the central nervous system. In muscles it assists in the slowing of relaxing after a contraction of a muscle.
Aufgrund der Zusammensetzung des Speiseeises bietet dieses Mikroorganismen einen geeigneten Nährboden zum Leben und zur Vermehrung. Daher müssen Reinigungs- und Desinfektionsvorgänge bei der Herstellung der Produkte strengstens überwacht und auch unter ökonomischen Aspekten betrachtet werden. Fragen des Umfangs einer Reinigung sowie deren Häufigkeit gilt es dabei ebenfalls zu klären und zu optimieren. Darüber hinaus muss ferner die Einhaltung vorhandener Gesetze berücksichtigt werden. Diese Arbeit widmet sich der Untersuchung des Umfangs der aktuell angewandten Reinigungsvorgaben aus mikrobieller Sicht heraus.
In dieser Arbeit wird der Einfluss verschiedener Zellkulturparameter auf Fibroblasten- induzierte Änderungen im Phänotyp sowie auf die Gefitinib-Sensitivität von OSCC- Zellen in vitro untersucht. Im Ergebnis sollen Erkenntnisse zur Etablierung eines optimierten bzw. standardisierten Modellsystems für die Zellkultur zur Untersuchung von CAF-OSCC-Zellinteraktionen dargestellt werden.
Der Replikationszyklus der Foamyviren zeichnet sich durch zahlreiche Besonderheiten aus. Dazu zählt die reverse Transkription des viralen RNA -Genoms zu einem späten Zeit-punkt im Replikationszyklus, die in einem infektiösen Genom resultiert. Neuste Beobach-tungen lassen vermuten, dass die Protease-vermittelte Prozessierung des Kapsid-Proteins die Aktivität der Reversen Transkriptase (RT) initiiert (Hütter et al., unveröffent-licht). Virale Partikel, die nur aus prozessiertem p68Gag bestehen, weisen eine verminderte Infektiosität auf, was mit einem geringeren intrapartikulären DNA -Gehalt korreliert. Das Fehlen des p3 Gag-Proteins in diesem Ansatz ließ eine stimulierende Wirkung des Proteins auf die RT-Aktivität vermuten. Das Ziel der Arbeit bestand in der Untersuchung des Ein-flusses des p3 Gag-Proteins auf die Infektiosität gebildeter Viruspartikel.
In der vorliegenden Arbeit werden SAOS-2 Zellen, welche auf mikrostrukturierten und ta-C beschichteten Objektträgern adhärierten, anhand von Fluoreszenzmessungen untersucht. Die Identifizirung möglicher Einflussfaktoren auf die Proliferation und Adhäsion der Zelllinie durch mikrostrukturierte undteilbeschichtete Glasobjektträger wird unter Verwendung des Cell Titer Blue Assays und der digitalen Bildverarbeitungs-software CellProfiler untersucht.
In der vorliegenden Bachelorarbeit werden die Wechselwirkungen von umweltrele-vanten Metallen mit biologischen Komponenten untersucht. Dazu dienen die bak-teriellen Haldenisolate Lysinibacillus sphaericus JG-A12 und Lysinibacillus sp. JG-B53. Diese zeigten bereits in vorangegangenen Untersuchungen sehr hohe Metallbindungs-kapazitäten. Für die Sorptionsversuche werden die Schwer- und Edelmetalle Platin, Palladium, Blei, Cadmium, Europium und Gold und das Halbmetall Arsen verwendet. Durch die Einbeziehung von isolierten Zellwandbestandteilen der Gram-positiven Mikroorganismen, wie z.B. S-Layer-Proteine und Membranlipide sollen genauere Kenntnisse der Sorptionseigenschaften der biologischen Komponenten erlangt werden. Als analytische Verfahren werden die ICP-MS und die QCM-D eingesetzt. Durch einen Vergleich der zwei Bakterien werden unterschiedliche Metallselektivitäten aufgedeckt, die in weiteren Forschungsvorhaben und Anwendungsgebieten Einsatz finden können.
After the expression of the titin-Hsp27-construct with the following purification supplies no satisfied results which makes the realization of the atomic force microscopy not possible. The devel-opment of the structure model by using different bioinformatic methods can establish a model for the protein sequence. As bioinformatic methods the template search by different BLAST runs and free available software like SwissModel, Pcons, ModWeb and other tools are used. Nevertheless, the generated model is not the native conformation and has to be analyzed with other software until a stable conformation of the structure can be predicted. Depending on the time which is provided the generated model is a good approach for the aim this master thesis has.
Die Lokalisation, Aktivität, Funktion, Abbau sowie Synthese von Proteinen werden maßgeblich durch Wechselwirkungen von Proteinen mit weiteren Proteinen, anderen Biopolymeren sowie nie-dermolekularen Molekülen reguliert. Informationen über Art, Stärke und Abhängigkeit der Interak-tionen sind daher von entscheidender Bedeutung für ein umfassendes Verständnis der Prozesse, in die ein Protein involviert ist, sowie den Mechanismen, durch die es reguliert wird. Die umfassende Charakterisierung von Interaktionen von Proteinen in einem gegebenen Proteom (mittlerweile oft als Interaktom bezeichnet) wird der nächste Meilenstein auf dem Weg zum Verstehen der Bioche-mie von den Zellen. Anormale Veränderungen von Protein-Protein- oder Protein-Metabolit-Interaktionen können Ursachen von Krankheiten sein, wohingegen gezielte medikamentöse Beein-flussungen Ansatzpunkte für Krankheitsbehandlungen darstellen. Im Rahmen dieser Masterarbeit wurde das Interaktom der Proteine STAT3, STAT1, BMI1 und CDK9 in humanen embryonalen Nierenzellen (HEK 293T, engl. Human Embryonic Kidney 293T cells) mit einer auf Affinitätsmassenspektrometrie basierenden Strategie untersucht, in der stabile Isotopenmarkierung durch Aminosäuren in Zellkultur (SILAC), in situ Biotinylierung der vier ausgewählten Proteine, Affinitätsanreicherung und massenspektrometrische Analyse verbunden wur-den. Den Schwerpunkt der Arbeit stellte die Optimierung der Datenauswertung dar. Zu diesem Zweck wurde eine Software entwickelt, die ein Protein-Protein Interaktionsnetzwerk aus Interaktionsdatenbanken um das jeweils zu untersuchende Protein erstellt und mit Hilfe von einer Meta-Datenbank und dem Protein-Protein Interaktionsnetzwerk die signifikanten Bindungspartner der Analyse selbstständig ermittelt. Die ermittelten Bindungspartner sollten mit Dreieck-Netzwerk-Motiven und komplementären Daten nachprozessiert bzw. nachevaluiert werden. Mit der PIPs Datenbank sollten alle Ergebnisse verglichen und evaluiert werden, weil diese Datenbank einen ähnlichen Ansatz mit komplementären Daten verfolgt und bereits seit einigen Jahren etabliert ist.
In this work a new method for the prediction of the Xaa-proline (where Xaa is any amino acid) cis/trans isomerization was investigated. By extraction of twelve structural features (real secondary structure, inside/outside classification, properties of the environment around proline and proline itself) a support vector machine (SVM) based prediction approach was evolved. The Java software Xaa-PIPT for structural feature extraction was developed. Based on 4397 (2199 cis and 2198 trans) prolines extracted from non-redundant, globular proteins a classifier was trained using the radial basis function (RBF) kernel. In ten-fold cross-validation it achieved an accuracy of 70.0478 % and a Matthews correlation coefficient (MCC) of 0.4223, a sensitivity of 0.5433 and a specificity of 0.8576. Based on this classifier a lightweight and easy-to-use Java software tool, called m Xaa-PIPT, for the prediction of the Xaa-proline cis/trans isomerization was devel-oped. It was shown that there are correlations between the proline surrounding environment and the isomerization state. m Xaa-PIPT can be used for the evaluation of low-resolution protein structures and theoretical models to improve their quality by the prediction of the Xaa-proline isomerization.
The bachelor thesis is about cis-trans isomerization of Xaa-Pro (Xaa = any amino acid), their quantitative acquisition and the selection of 3D structure information for the prediction with a support vector machine (SVM). The quantitative detection of occurrence of cis-, trans- and cis/trans conformation in membrane proteins will be examined and evaluated. The 3D structure informa-tions include 12 features, the amino acids around proline and are including of proline. These include the inside/outside classification, the real secondary structure, energy consideration, as well as five further amino acid occur properties within a defined radius of the proline. From this information, a data set was created for the SVM. This program is used for the prediction of unknown and known Xaa Pro Isomerisms. The methods for the analysis were implemented with the platform independent programming language Java. Two programs have emerged from the work to a Xaa PIPT for the quantitative detection and extracting structural information and m Xaa-PIPT to the pure prediction of Xaa-Pro isomerism in protein structures. 389 Membrane proteins from the PDB (Protein Data Bank) served as a basis. The data were also statistically analysed and evaluated.
Ziel der Arbeit war es ein Topologievorhersagetool zu entwickeln, dass anhand von Energiepro-fildaten die Topologie von Membranproteinen vorhersagen kann. Hierzu gliedert sich die Arbeit in zwei Hauptteile. Zum einen werden zunächst einige Grundlagen zu den Themen Proteine, Energieprofile und Hidden-Markov-Modelle angeführt, zum anderen erfolgt eine Erläuterung des Vorgehens in Bezug auf die Erstellung der Datensätze und des Modells selbst. Schließlich werden die gewonnenen Informationen in der Auswertung analysiert und diskutiert. Dies geschieht sowohl im Hinblick auf die Vorhersagegenauigkeit des Modells, als auch auf die Eigenschaften der erstellten Datensätze
Die vorliegende Bachelorarbeit befasst sich mit dem Thema, ein besseres Verständnis über den strukturellen Aufbau von Transmembranproteinen zu erlangen. Durch eine intensive Recherche über den biologischen, chemischen und physikalischen Hintergrund von Aminosäuren ist ein zusammengefasstes Grundwissen entstanden, welches in der Lage ist die Bindungseigenschaften und somit auch die Position dieser Aminosäuren in den Proteinen zu erklären. Mit Hilfe der CSU-Analysis vom Weizmann Institut of science wurden diese Kenntnisse an bekannten Transmembranproteinen zielbewusst überprüft. Die daraus resultierenden Ergebnisse zeigten, dass die Eigenschaften der Aminosäuren zur Stabilität dieser untersuchten Transmembranproteine beitragen. Eine weitere Bestätigung dieser Resultate lieferte die abschließende Überprüfung des Musters „AA2-AA3“ welches in Transmembranproteinen die häufigsten Interaktionen eingeht.
Analyse der molekularbiologischen Evolution der BRCT-Domäne im Energieprofilorientierten Kontext
(2012)
Die vorliegende Arbeit liefert eine ausführliche Analyse der BRCT-Domäne. Dabei wur-de zum einen eine Zusammenfassung erstellt, in welcher diewichtigsten bisher ermittel-ten bekannten Eigenschaften und Funktionen dieser Domänezusammengetragen sind. Des Weiteren erfolgte eine Analyse der BRCT-Domäne auf Grundlage von Energieprofi-len. Der Schwerpunkt der Untersuchung lag dabei auf der Rekonstruktion evolutionärer Verwandtschaftsbeziehungen. Somit wurde zum einen überprüftin wie weit sich Ener-gieprofile auf phylogenetische Methoden anwenden lassen, wie deren Ergebnisse zu bewerten sind und in wie weit diese Ergebnisse mit bisherigen evolutionären Erkennt-nissen der BRCT-Domäne korrelieren oder sich neue Erkenntnisse daraus ergeben.
In der vorliegenden Arbeit wurde die kryoprotektive Wirkung der Kombination aus Dimethylsulfoxid + fetalem Kälber Serum, 1,2-Propandiol + Methylzellulose, 1,2-Ethandiol + Hydroxyethylstärke, Hydroxyethylzellulose + Hydroxyethylstärke und Trehalose + Polyvinyl-pyrrolidon für porcine Hornhäute und humane Mundschleimhautkonstrukte untersucht. Des Weiteren erfolgte die Testung der Einzelsubstanzen Polyvinylpyrrolidon und Trehalose. Die Überprüfung der kryokonservierenden Wirkung dieser Medien wurde anhand der Revitalisierung von Hornhäuten und Gewebeäquivalenten nach dem Einfrieren und Auftauen beurteilt. Dazu wurden verschiedener histologische und morphologische Parameter untersucht und ein Proliferationsassay durchgeführt. Unter Verwendung statistischer Analysen ließen sich signifikante Zusammenhänge zum Überleben des Cornea-Endothels sowie zur Revitalisierung der Gewebeäquivalente erkennen. Nach gründlicher Prüfung aller Ergebnisse, erwiesen sich einerseits die Kombination aus Hydroxyethylzellulose + Hydroxyethylstärke und andererseits die Substanz Polyvinylpyrrolidon geeignet zu Kryokonservierung beider Gewebe.
Ziel der vorliegenden Arbeit war die molekularbiologische Untersuchung des loss of heterozygosity (LOH) in drei Tumorsuppressorgene der Fanconi Anämie (Fanc G, Fanc F und Fanc J). Das Hauptaugenmerk lag dabei auf der Prüfung einer prognostischen Relevanz dieser Gene, um in Zukunft den Weg für die Entwicklung eines verbesserten kausalen Therapiekonzeptes für Patienten mit einem Plattenepithelkarzinom in der Mundhöhle zu ebnen. Mit Hilfe einer Mikrosatellitenanalyse wird eine Multiplex-PCR zur Feststellung eines LOH etabliert. Die daraus resultierenden Amplifikate werden anschließend einer kapillarelektro-phoretischen Fragmentanalyse unterzogen, sodass im Folgenden die für die LOH-Berechnung wichtigen Elektropherogramme ausgewertet werden können. Unter Verwendung von statistischen Analyseverfahren liefert ein LOH in den Genen Fanc G und Fanc F möglicherweise das Potential, als prognostischer Marker zu dienen. Auch der Ansatz der Verwendung der Mikrosatelliteninstabilität als prognostischen Marker könnte eine potentielle Relevanz besitzen. Weiterführende Analysen sind allerdings erforderlich.
Das Ziel dieser Arbeit ist die Etablierung eines methodischen Vorgehens für die Analyse ausgewählter Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) des mitochondrialen Genoms. Dabei sollen benötigte Schritte von der Isolation der mtDNA aus dem Untersuchungsmaterial bis zur Analyse ausgewählter mtSNPs geprüft werden. Der methodische Ablauf wurde an problematisch zu untersuchendem Untersuchungsmaterial erprobt. Die Ergebnisse der Forschungsarbeit werden in einem ausführlichen Arbeitsprotokoll zusammengefasst. Dieses kann für thematisch ähnliche Fragestellungen in der molekulargenetischen Forensik zur Verfügung gestellt werden.
Die Erbse (Pisum sativum) wird aufgrund ihrer charakteristischen Biomasse-zusammensetzung als Modellorganismus für zahlreiche Stoffwechseluntersuchungen verwendet. Beispielsweise werden mithilfe von Enzymassays und den damit ermittelten kinetischen Parametern die Stoffwechselwege in mathematischen Modellen zusammengefasst. Speziell für die Erbse wurde in der vorliegenden Arbeit die maximale Reaktionsgeschwindigkeit diverser Enzyme zweier Pflanzen mit unterschiedlichem Genotyp, Wildtyp Eiffel und RNAi AGP3, analysiert. Auswirkungen der gentechnischen Veränderung fielen besonders bei dem direkt betroffenen Enzym auf. Die Modifikation des Genotyps erfolgte durch eine RNA-Interferenz, wodurch eine verminderte Genexpression mit einer reduzierten Enzymaktivität vorlag. Bei der Untersuchung des Saccharoseabbaus und der Stärkesynthese zeigten sich außerdem veränderte Aktivitäten der Phosphoglucose Isomerase, der Saccharose Synthase und anderen analysierten Enzymen. Mithilfe eines Microarrays, bei denen die Genexpression der eben genannten Erbsengenotypen analysiert wurde, und den darin enthaltenen Oligonukleotid -Sequenzen einzelner Isoformen wurde in verschiedenen Datenbanken nach homologen Sequenzen gesucht. Die neuen Sequenzen wurden dann in die Webapplikationen TargetP 1.1 und WoLF PSORT zur Vorhersage der subzellulären Lokalisierung eingesetzt. Allerdings erwiesen sich die Ergebnisse als unpräzise, da die Sequenzen unvollständig waren. Durch Expressionsdaten wurde die Signalstärke der Isoenzyme prozentual ermittelt und anhand von maximaler Reaktionsgeschwindigkeit auf die Verteilung der einzelnen Aktivitäten geschlossen. Diese Methode war jedoch sehr empfindlich gegenüber äußeren Einflüssen wie Temperatur oder Erntezeitpunkt. Daher ist es sinnvoll nach wesentlich genaueren Vorgehensweisen zur Vorhersage der subzellulären Verteilung von Enzymaktivitäten zu suchen
In der vorliegenden Arbeit wird die Untersuchung verschiedener Wasser- und Sedimentproben der ehemaligen Uranerzgrube Königstein, sowie der Gruben Pöhla und Schlema auf mikrobielle Lebensgemeinschaften thematisiert. Dies wird unter Verwendung molekulargenetischer Methoden, wie PCR, T-RFLP-Analyse und Klonierung durchgeführt. Anschließend wird durch einen Abgleich mit bereits vorhandenen Daten aus vorangegangenen Untersuchungen die Identifizierung der Organismengruppen vorgenommen und die Diversität festgestellt. Weiterhin werden erhaltene Klonsequenzen hinsichtlich ihrer Zugehörigkeit bestimmter Bakterienstämme analysiert und zugeordnet.
In dieser Arbeit werden die Multipotenz und Seneszenz juveniler und adulter mesenchymaler Stammzellen miteinander verglichen. Für den Vergleich der Multipotenz werden die Zellen zu Fett – und Knochenzellen differenziert, welche durch verschiedene Methoden (u.a. qRT PCR, Flow Cytometry, verschiedene Färbemethoden) quantifiziert werden. Der Nachweis der Seneszenz (Alterung) wird über die Passagierung der Zellen über einen längeren Zeitraum hin erreicht. Dabei werden aus bestimmten Passagen die DNA isoliert und auf die Telomerverkürzung mit Hilfe einer qRT PCR untersucht.
Damit halogenierte Schadstoffe effektiver aus dem Grundwasser entfernt wer-den können, wurden spezielle Nanopartikel entwickelt. Eine der stark vertrete-nen Grundwasserkontaminanten ist Perchlorethylen (PCE), diese Substanz soll mit Hilfe von Aktivkohle-Eisen-Kompositpartikeln abgebaut werden. In dieser Arbeit sollte untersucht werden, welche Toxizität PCE in Embryonen des Zeb-rabärblings, welcher als Modellorganismus eingesetzt wurde, aufweist. Deswei-teren sollte der Einfluss der Nanopartikel auf die Toxizität des PCE analysiert werden. Der LC50 wurde mit dem Zebrabärblings-Embryotest ermittelt und der Verlust der stark flüchtigen Substanz mit gaschromatographischen Methoden analysiert. Der Abbau des PCE durch die Nanopartikel wurde nicht untersucht, da bereits abreagierte Partikel zum Einsatz kamen. Allerdings konnte die Sorpti-onswirkung der Partikel nachgewiesen werden, indem gezeigt werden konnte, dass die Toxizität des PCE bei Co-Exposition mit den Aktivkohle-Eisen-Kompositpartikeln geringer ist. Die Wirkung der Nanopartikel im reaktiven Zu-stand muss noch getestet werden, aber die bisherigen Ergebnisse, lassen ver-muten, dass die Entwicklung der Nanopartikel erfolgreich weitergeführt und ab-geschlossen werden kann und die Nanopartikel dann zum Einsatz kommen kön-nen
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Generierung von Primern und Son-den zur Identifikation verschiedener Candida-Arten. Hierzu erfolgte zunächst die Evaluierung gebräuchlicher Primer-Programme. Da keines den geforderten An-sprüchen genügt, wurde ein eigener Algorithmus entworfen. Mit Hilfe dessen erfolgte abschließend die Generierung der Primer und Sonden.
Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Textanalyse biologisch relevanter Texte. Es geht darum Informationen und relevante Relationen aus diesen Texten zu extrahieren. Dies geschieht zunächst manuell und im Anschluss mit dem Programm antconc 3.2.1w maschinell. Anschließend wird mit dem Themengebiet Wissenslandkarten eine mögliche Form der Darstellung solcher Informationen und Zusammenhänge vorgestellt. Die nötigen Arbeitsschritte für die Erstellung einer solchen Wissenslandkarte werden näher beleuchtet, sowie deren Aufgaben, Ziele und Anwendungsgebiete dargestellt. Es wird auf die verschiedenen Arten von Wissenslandkarten erläutert und auf Vor- und Nachteile eingegnagen, die sich aus einer solchen Form der grafischen Darstellung ergeben. Desweiteren werden verschiedene Softwaretools vorgestellt, die die Erstellung einer Wissenslandkarte unterstützen können.
Ziel der Masterarbeit ist es einen Überblick über die freie Bibliothek „BioJava“ zu erstellen und diese dann exemplarisch in einen Tool für die Forschung und Lehre darzustellen. Die Reduzierung des Arbeitsaufwandes bei der Verarbeitung biologischer Daten soll durch das entstehende Tool minimiert werden. Durch den Einsatz in der Lehre sollen die Studentinnen und Studenten eine Grundlage erhalten für den Umgang mit wissenschaftlichen Daten. Der Einsatz moderner Technolgien soll zudem gewährleisten, dass das Tool viele Jahre eingesetzt werden kann.
Identifikation humanpathogener Pilze auf der Grundlage von qualitätsüberprüften DNA-Sequenzen
(2011)
Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Formulierung einer Strategie zur Identifizierung humanpathogener Pilze. Sie soll so formuliert werden, dass sie als Grundlage für die Automatisierung und Entwicklung einer entsprechenden Software dienen kann. Wei-terhin beschäftigt sich ein Großteil dieser Arbeit mit der Qualität von DNA-Sequenzen, wie sie bestimmt werden und welche Fehler auftreten können.
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit einer neu zu entwickelnden Technologie im Bereich der Abwasseraufbereitung. Primäres Ziel ist es, die Anforderungen für einen Zusammenschluss zweier eigenständig auf dem Markt existierenden Verfahren zu ergründen. Die beiden Verfahrensstufen werden in Feldversuchen zusammengeführt. Auf deren Grundlage sind ausschlaggebende Verfahrensparameter unter verschiedenen Bedingungen zu analysieren und zu bewerten. Mit der neuartigen Verfahrenskombination soll zukünftig eine Abwasserbehandlungsanlage entwickelt werden, die im Vergleich zu anderen biologischen Verfahren mit Membranfiltrationsstufe einen geringeren wirtschaftlichen Aufwand aufweist und dennoch sehr hohe Ablaufqualitäten garantiert, die den gesetzlichen Anforderungen entsprechen. Zudem sind derzeitige Marktchancen für die neue Technologie auf industrieller und kommunaler Ebene zu untersuchen.
In der vorliegenden Bachelorarbeit werden zwei gentechnisch veränderte Escherichia coli Stämme unter verschiedenen Wachstumsbedingungen mittels flowzytometrischer und massenspektrometrischer Analysen untersucht. Zum Einen wird die Quantität des rekombinanten Proteins L - Prolin - trans - 4 - Hydroxylase auf Populations -, sowie Subpopulationsebene, analysiert. Zum Anderen werden weitere Proteine des Proteoms einbezogen, um auftretende Subpopulationen genauer zu charakterisieren.
Ziel der Bachelorarbeit ist es, verfahrenstechnische Fragestellung bezüglich des Downstream Processing eines fermentativ erzeugten Biopolymeres zu untersuchen. Der industrielle Verwendungszweck des Produktes erfordert die Bewertung verschiedener Fällmittel, Trocknungsparameter und der Rücklöseeigenschaften hinsichtlich der technischen und wirtschaftlichen Durchführbarkeit.
Die vorliegende Bachelorarbeit befasst sich mit der Herstellung, Reinigung sowie der physischen und funktionellen Charakterisierung von Einkettenantikörpern (scFv´s) gegen den Abscisinsäure-Rezeptor RCAR1 (regulatory components of ABA receptor). Dabei besteht das Hauptziel darin, einen Beitrag zum Verständnis der Abscisinsäure (ABA) vermittelten Signaltransduktion zu leisten. ABA ist ein zentraler Regulator bei der Reaktion auf Stress und spielt außerdem in zahlreichen Entwicklungsstadien der Pflanze eine Rolle. Derzeit ist noch offen, ob die 14 entdeckten ABA-Rezeptoren über eine spezielle Funktion verfügen, was beispielsweise durch eine Immunmodulation untersucht werden kann. Dafür werden spezifische und hoch affine Antikörper bzw. Antikörperfragmente benötigt. Im Rahmen dieser Arbeit wurde bei der Herstellung von spezifischen scFv´s gegen den Rezeptor RCAR1 eine Erzeugung von Dimeren angestrebt. Die Expression der scFv´s erfolgte in N. benthamiana. Die Proteine wurden affinitätschromatographisch gereinigt. Für die physische Charakterisierung wurden Western Blot-Analysen durchgeführt. Die Bindungseigenschaften wurden mit Hilfe verschiedener ELISA-Experimente charakterisiert.
MicroRNAs, kleine, nichtkodierende RNA-Moleküle, sind in den letzten Jahren aufgrund ihrer regulatorischen Eigenschaften verstärkt in den Fokus der Forschung gerückt. Auch in der Steuerung des Stammzellverhaltens wird ein Einfluss der microRNAs vermutet. Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Untersuchung der Funktion ausgewählter microRNAs in der Osteogenese von murinen embryonalen Stammzellen. Dazu wurden die microRNAs in diesen Zellen überexprimiert. Die Kultivierung der Zellen erfolgte in Medien mit unterschiedlichen Glukosekonzentrationen. Mit Hilfe verschiedener Auswertungsmöglichkeiten (qPCR, Kalzium-Assay, Färbungen) wurden die Zellen auf einen positiven bzw. negativen Effekt der microRNA auf die Knochenzellbildung analysiert. Dabei wurde auch der mögliche Einfluss der Kultivierungsbedingungen auf die Wirkung der microRNA berücksichtigt.
In dieser Bachelorarbeit wurde der Spinnenfaden auf molekularer Ebene betrachtet. Da es eine Vielzahl verschiedener Spinnenfäden gibt, wurde zunächst ein kurzer Überblick über die Besonderheiten der einzelnen Fadentypen geschaffen und daraufhin einer dieser Fäden ausgewählt, den es näher zu untersuchen galt. Dieser Faden wurde hinsichtlich des Aufbaus und Proteinzusammensetzung mittels bioinformatischer Software analysiert. Die gewonnenen bioinformatischen Daten wurden mit den Erkenntnissen aus verschiedenen Experimenten wie Röntgenanalyse, Kernmagnetresonanz, Gelelektrophorese, u.a. verglichen. Es galt, Übereinstimmungen bzw. Widersprüche zwischen den bioinformatischen Daten und den praktischen Experimenten zu finden.
Ziel der Bachelorarbeit ist die Gewinnung sowie Reinigung der Leucindehydro-genase isoliert aus Bacillus licheniformis, wobei das Enzym molekularbiologisch und biochemisch charakterisiert werden soll. Hinsichtlich des industriellen Ein-satzes wird das Enzym anschließend in eine Matrix eingebettet. Desweiteren soll eine bioinformatische Betrachtung im Hinblick auf die Struktur erfolgen.
Im Rahmen dieser Bachelorarbeit werden zwei große Teile bearbeit. Der erste Teile ist die Erstellung der phylogenetischen Bäume mit drei verschiedenen Methoden. Dadurch könnte man die Verwandtschaft der Membranproteinen übersichtlich erkennen. Der zweite Teile ist die Analyse der Hydrophobizitätsprofile und der Energieprofile für bestimmten Membranproteine. Durch den Vergleich dieser beiden Profile schließt man eine Aussage, mit der man ohne SMFS-Experiment der Membranproteinen auch die Entfaltung der Membranproteinen einfach zusammenfassen kann
In dieser Arbeit wurde der Einfluss von Sauerstoff auf das Redoxpotential bei der Fermentation mit Bacillus subtilis untersucht. Des Weiteren wurde erforscht, ob und wie sich die Produktsynthese des Mikroorganismus‘ durch eine Regelung des Redoxpotentials beeinflussen lässt. Dabei wurde festgestellt, dass der Sau-erstoffeintrag eine wesentliche Rolle beim Verlauf des Redoxpotentials besitzt, wobei gebildete Produkte während der stationären Phase der Mikroorganismen-kultur zusätzlich Einfluss nehmen. Durch eine Regelung des Redoxpotentials über den Sauerstoffeintrag veränderte sich das Produktspektrum, sowie die Konzentration an gebildeten Stoffen.
Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Entwicklung von Verfahren zur Detektion und Quantifizierung von anaeroben Bakterien. Eine Methode zur Zellzählung mittels Fluoreszenzmikroskopie in Reinkulturen wurde modifiziert und anschließend zur Bestimmung des optimalen Zellaufkonzentrierungsverfahrens für das Bakterium CBDB1 benutzt. Des Weiteren wurde ein quantitativer Real Time PCR-Versuchsansatzes entworfen, welcher es ermöglicht das relative Vorhandensein der den Dehalococcoides zugehörigen Chloroflexi, einer noch weitestgehend unerforschten Bakteriengruppe in Sedimenten zu bestimmen
Das Gras Brachypodium distachyon, dessen Kerngenom im Jahre 2008 vollständig sequenziert wurde, ist die neue monokotyle Modellpflanze für die Getreidearten der gemäßigten Breiten und somit für die anwendungsorientierte Pflanzenforschung von größter Bedeutung. Bereits etablierte Regenerations- und Transformationssysteme, die eine grundlegende Voraussetzung für Modellpflanzen darstellen, greifen jedoch bislang auf unreife Embryonen als Explantate für Kalluskulturen zurück und sind somit stets auf Gewächshauskulturen angewiesen. In der vorliegenden Arbeit sollte eine neue Methode zur Induktion und Transformation von Kalluskulturen aus Sprosssegmenten und deren Regeneration zu vollständigen Pflänzchen etabliert und optimiert werden. Des Weiteren befasst sich ein Teil der Arbeit mit dem Versuch ein Binärplasmid zu klonieren, welches der Problemstellung entsprechend anhand eines Fusionsreporterproteins aus GFP und GUS zukünftig den Nachweis von Transformationsereignissen erleichtern sollte.
Ziel der Diplomarbeit ist es, das transmembrane Hüllprotein gp41 von HIV-1 als Antigen für Immunisierungen herzustellen. Hierzu wird die Etablierung einer permanent gp41 exprimierenden Zelllinie in humanen Zellen angestrebt, die es ermöglicht das Antigen in großen Mengen zu produzieren und erstmals in den Überstand sezerniertes Protein nachzuweisen. Neben der Charakterisierung des Antigens durch die Analyse im Western Blot wird im Epitopmapping und Neutralisationstest das Vorhandensein bindender und neutralisierender Antikörper untersucht. Um breit neutralisierende Antikörper zu gewinnen, wurden hier Immunisierungsstudien mit rekombinantem gp41 durchgeführt. Für die Etablierung einer Zelllinie wurden humane 293T-Zellen mit vier verschiedenen Expressionsvektoren transfiziert, die die Expression von rgp41 und die Selektion Geneticinresistenter Zellen erlaubte. Zur Expressionsoptimierung wurden die Zelllinien in FKS-freiem Medium kultiviert.
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Identifizierung von ABC-Transportern sowie genetischen Expressionsstudien in Muscheln. Das Hauptziel ist es, einerseits die erhaltenen cDNA-Sequenzen verschiedener Arten mit einander zu vergleichen und Rückschlüsse auf die Verwandtschaftsbeziehungen zu schließen. Andererseits soll die zelluläre Stressantwort bei der Exposition mit umweltrelevanten Schadstoffen charakterisiert werden.
Ziel der Bachelorarbeit ist es, ein Programm zur Auswertung von bestimmten Genetikexperimenten zu entwickeln. Durch die Automatisierung der Auswertung solcher Experimente wird die Forschung vorangetrieben und die Chance auf Fehler wird dezimiert. Um die Arbeit für alle verständlich zu machen, werden zu Beginn die biologischen Hintergründe, die der Arbeit zu Grunde liegen, erläutert, um danach auf die aus den Experimenten gewonnenen Dateien einzugehen. Anschließend wird das Konzept sowie die Realisierung näher betrachtet. Zum Schluß erfolgt eine Zusammenfassung und ein Ausblick auf mögliche Programmerweiterungen.
Ziel dieser Diplomarbeit ist es, verschiedene Peptidkarten von Rinderhaut-Kollagen zu erstellen. Diese sollen eine Charakterisierung von Kollagentypen ermöglichen. Im ersten Teil dieser Arbeit wird das Kollagen mit Hilfe von Bromcyan und speziellen Enzymen in definierte Peptide gespalten. Im zweiten Teil der Arbeit soll überprüft werden, inwiefern die einzelnen Hydrolysefragmente mittels 2D-Gelektrophorese aufgetrennt werden können. Zum Schluss erfolgt eine Bewertung der Praxistauglichkeit dieser Methoden zur Bestimmung von unterschiedlichen Kollagentypen.
Ziel der Bachelorarbeit ist es, Kraft-Abstands-Kurven zu analysieren und auszuwerten, um somit Aussagen über die Kräfte zu bekommen, welche bei der Zelladhäsion wirken. Daher wurden zuerst die Kräfte analysiert und mittels Histogrammen ausgewertet. Aufgrund der Tatsache, dass der Verlauf der Kraft-Abstands-Kurven einen Einfluss auf die Kräfte hat, soll im zweiten Schritt eine Funktion gefunden werden, die diesen Verlauf bestmöglich beschreibt.
Ziel dieser Bachelorarbeit ist es, nähere Informationen über die Toxizität von Bisphenol A zu gewinnen und dadurch eindeutigere Aussagen hinsichtlich seiner zukünftigen Verwendung zu treffen. Bisphenol A zählt zu den Stoffen mit östrogener Wirkung, der an Rezeptoren für Östrogene binden und so biologische Reaktionen hervorrufen kann. Dieser Stoff ist einer der weltweit am meisten produzierten Chemikalien und unter anderem in vielen Materialien mit Lebensmittelkontakt enthalten. Mit geeigneten Methoden soll in dieser Arbeit die Toxizität von Bisphenol A gegenüber Zellen der Zelllinie RLC-18, als Modell für den Menschen, bestimmt und die entsprechenden Rückschlüsse gezogen werden.
QSAR- und QSPR-Modelle finden bereits seit etwa 40 Jahren in der Arzneimittelherstellung, dem Drug-Design, Anwendung. Durch sie lassen sich Verhaltensweisen von chemischen Substanzen vorhersagen, sodass Interaktionen und Reaktionen mit anderen Chemikalien abgeschätzt werden können. Dieser Ansatz lässt sich auch auf Proteine übertragen. Der Faltungsweg eines Proteins hin zu seiner nativen Struktur kann noch nicht genau bestimmt werden. Durch die energetische Beschreibung mit Hilfe von Deskriptoren kann dies allerdings möglich werden. Diese Bachelorarbeit soll sich mit möglichen Deskriptoren befassen, um anschließende mathematische Analysen hin zu einem QSER-Modell (Quantitative Structure Energy Relationships) zu vereinfachen. Dabei sollen Zusammenhänge zwischen dem Energieprofil und der Struktur eines globulären Proteins erklärt, erforscht und verstanden werden. Auch Grundgedanken für die weitere Vorgehensweise sollen diskutiert und verglichen werden. Das abschließende Ziel der gesamten Thematik ist die Erklärung struktureller Ausbildungen eines Proteins unter Integration der energetischen Charakterisierungen.
Es ist eines der größten ungelösten Probleme der letzten Jahrzehnte, wie die Beziehung zwischen Sequenz und 3D-Struktur in Proteinen tatsächlich aussieht. Um die Funktion und den Einfluss von physiologischen Bedingungen exakt verstehen zu können, werden Aussagen über die Struktur von Proteinen benötigt. Energieprofile stellen ein Energiemodell dar, welches die damit verbundenen Aspekte teilweise untersucht. Das Hauptaugenmerk liegt dabei auf Wechselwirkungen der einzelnen Aminosäuren eines Proteins untereinander. Die Grundlage bildet die Berechnung der freien Energie jeder Aminosäure. Zu Beginn dieser Arbeit war es nur möglich, von globulären Proteinen Energieprofile zu berechnen. Ziel der Bachelorarbeit ist es, einen Algorithmus zu entwickeln, der von Membranproteinen Energieprofile berechnen kann, um verstehen zu können, wie sich unterschiedliche physiologische Bedingungen auf Membranproteine auswirken, und wie beispielsweise Punktmutationen die Funktionsfähigkeit und den strukturellen Aufbau von Membranproteinen beeinflussen können.
Stabilitätsanalyse des Membranproteins HP0565 : eine experimentelle und bioinformatische Studie
(2010)
Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Auswertung von Kraft- Abstandskurven aus einem SMFS-Experiment des Membranproteins HP0565. Gleichermaßen wurden die Möglichkeiten einer bioinformatischen Studie für eine Charakterisierung des Proteins genutzt. Im Hinblick auf die Möglichkeiten der Single-Molecule-Force Spectroscopy (SMFS) wurden Stabilitätsanalysen und statistische Betrachtungen durchgeführt.
Ziel der Bachelorarbeit ist es die Verifizierung der Chou-Fasman-Präferenzen an RNA-Molekülen zu realisieren und in Entscheidungsbäume einzubinden. Des Weiteren soll auf Basis bekannter und bestehender Vorhersagealgorithmen ein Meta-Vorhersage-Server erschaffen werden. Dieser soll alle bisher bekannten Vorhersagen bündeln und auf diesem Weg eine Qualitätssteigerung erzielen. Ziel ist es, die Sekundärstruktur einer Base X, aber auch die Base X selbst in Abhängigkeit von Vorgänger- und Nachfolger-Base vorherzusagen. Dabei werden sowohl die Nukleosid-Präferenzen als auch, die durch Experimente ermittelten chemischen Verschiebungen, berücksichtigt
Als eines der wichtigsten Verfahren der Biologie als beobachtende Wissenschaft ist das Vergleichen von Organismen. Zweck dafür ist es auf phylogenetische Zusammenhänge schließen zu können. Dieses Prinzip ist ebenso auf den Nanokosmos der Proteine übertragbar. Aus dem Vergleich zweier Sequenzen können Unterschiede und Ähnlichkeiten aufgedeckt, und somit Rückschlüsse auf die funktionellen, strukturellen und evolutionären Beziehungen gewonnen werden. Es existieren zahlreiche Algorithmen, die den Vergleich von Proteinen auf den verschiedensten Abstraktionsebenen ermöglichen, wobei diese meist hochgradig spezialisiert sind. Diese Determiniertheit führt häufig zum Informationsverlust. Um den biologischen Kontext zu erfassen, ist es oft notwendig verschiedene Algorithmen auf eine Fragestellung anzuwenden. In dieser Arbeit wird ein Algorithmus vorgestellt, der die Informationen verschiedenster Proteinstrukturebenen vereint und daraus ein einziges Alignment erzeugen kann. Dafür nutzt das Programm den neuartigen Ansatz der Proteinenergieprofilberechnung. Weiterhin wird im Rahmen dieser Arbeit näher auf die Berechnung und Strukturkorrelationen von Energieprofilen eingegangen. Zudem wird ein Algorithmus erläutert, der Alignments dieser Profile durchführt. Im letzten Punkt wird eine Methodik zur Vorhersage von Energieprofilen erläutert sowie dessen Güte abgeschätzt.
Neurodegenerative Erkrankungen wie Morbus Alzheimer oder Parkinson treten durch die steigende Alterserwartung immer häufiger auf. Um diese medikamentös behandeln zu können, müssen Pharmaka die Blut-Hirn-Barriere überwinden, die das Gehirn vor im Blut befindlichen Krankheitserregern und Toxinen schützt. Eine Möglichkeit stellt die Kopplung des Medikaments an ein Nanopartikel dar. Diese sind mit dem rezeptorspezifischen Apolipoprotein E (ApoE) ummandelt und ermöglichen so die Überwindung der Blut-Hirn-Barriere. Ziel der vorliegenden Arbeit war die Expression und Aufreinigung des humanen Apolipoproteins E3 (hsApoE3) in Escherichia coli und die Untersuchung der Expressionsfähigkeit in SFplus-Insektenzellen. Dazu wurde die cDNA Sequenz des hsApoE3 mit der Gensequenz der TEV-Proteasen-Schnittstelle sowie des Polyhistidin-Tags synthetisiert und in unterschiedliche pET Vektoren mit verschiedenen Fusionsproteinen kloniert, welche für die Expression Verwendung fanden. Als Fusionsproteine wurde entweder His6-Tag alleine oder der His6-Tag in Kombination mit einem GST, NusA, ZZ oder MBP-Tag verwendet. Das Fusionsprotein MBP-hsApoE3 wurde am stärksten exprimiert und konnte über den His6-Tag und einer anschließenden MBP-Affinitätschromatographie erfolgreich aufgereinigt werden
Für die Untersuchung von Bewegungen menschlicher Probanden werden diese Bewegungen mit Hilfe von Motion-Capture-Systemen gemessen. Diese gemessenen Daten müssen auf ein biomechanisches Menschmodell übertragen werden, welches zuvor entsprechend den anthropometrischen Werten des Probanden parametrisiert werden muss. Diese Arbeit beschäftigt sich mit der automatischen Bestimmung der anthropometrischen Daten und der Übertragung der Bewegungsdaten mittels inverser Kinematik.
Ziel der Bachelorarbeit ist es, die chemischen Verschiebungen statistisch auszuwerten und die Parameter der individuellen Statistik für die mögliche Zuordnung der Signale von RNA Molekülen zu verwenden, die noch strukturell unaufgeklärt sind. Parallel dazu wird versucht diese Informationen zu nutzen, um die jeweilige Sekundärstruktur einzelner RNA Abschnitte zu bestimmen. Anhand einer unbekannten RNA soll die aufgestellte Statistik ausgewertet und überprüft werden. In späteren Projekten ist geplant auf der Grundlage dieser Statistik eine neuartige Zuordnungsstrategie zu entwickeln und in einen Algorithmus und somit in eine Software umzusetzen.