Development of a genetic biomonitoring test for investigating plant-pollinator interactions
Entwicklung eines genetischen Biomonitoring-Tests zur Untersuchung von Pflanze-Bestäuber-Netzwerken
- In this work, a protocol for portable nanopore sequencing of DNA from pollen collected from honey bees, bumble bees, and wild bees was developed. DNA metabarcoding is applied to identify genera within the mixed DNA samples. The DNA extraction and ITS and ITS2 PCR parameters tested for this purpose were applied to the collected pollen sample and the amplicons were then decoded using the Flongle sequencer adapter from Oxford Nanopore Technologies. It is shown that the main pollinator resources at the different sites can be identified in percentage proportions. The protocol generated in this study can be used for further ecological questions.
- In dieser Arbeit wurde ein Protokoll zur portablen Nanoporensequenzierung von DNA aus Pollen der von Honigbienen, Hummeln und Wildbienen gesammelt wurde, entwickelt. DNA-Metabarcoding wird angewandt, um Gattungen innerhalb der gemischten DNA-Proben zu identifizieren. Die dafür erprobten Parameter für die DNA Extraktion und ITS- und ITS2- PCR wurden an dem gesammelten Pollenproben angewandt und die Amplicons schließlich mit dem Flongle Sequencer Adapter von Oxford Nanopore Technologies entschlüsselt. Es konnte gezeigt werden, dass die Hauptressourcen der Bestäuber an den verschiedenen Standorten prozentual identifizierbar sind. Das in dieser Studie entstandene Protokoll kann für weitere ökologische Fragestellungen genutzt werden.
Author: | Lisa Carolina Prudnikow |
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Advisor: | Röbbe Wünschiers, Catrin Westphal |
Document Type: | Master's Thesis |
Language: | English |
Year of Completion: | 2021 |
Granting Institution: | Hochschule Mittweida |
Release Date: | 2023/04/20 |
GND Keyword: | Nanopartikel; Sequenzanalyse <Chemie>; DNA Barcoding |
Institutes: | Angewandte Computer‐ und Biowissenschaften |
DDC classes: | 572.330285 Sequenzanalyse |
Open Access: | Innerhalb der Hochschule |
Licence (German): | Urheberrechtlich geschützt |