Determination of pollen origin for the analysis of the foraging behaviour of honey bees and bumble bees by nanopore- and polymerase-based sequencing methods
- In the present bachelor thesis, nanopore sequencing and Illumina sequencing was compared using pollen DNA collected from honeybees and bumble bees. Therefore, nanopore sequencing was performed with the MinION sequencers and the generated reads were analysed with bash programming. A quantitative and qualitative (based on ITS2 sequences) BLAST run was performed. The results confirme the error probability of nanopore sequencing that is described in the literature. Nevertheless, with both sequencing methods similar sample preferences of the bees could have been observed, allowing ecological conclusions.
- In der vorliegenden Bachlorarbeit wurde die Nanoporensequenzierung mit der Illuminasequenzierung anhand von Pollen-DNA, die von Honigbienen und Hummeln gesammelt wurde, verglichen. Dafür wurde die Nanoporensequenzierung mit den MinION Sequencer durchgeführt und mit Bash-Programmierung die generierten Reads analysiert. Ein quantitativer und qualitativer (anhand von ITS2-Sequenzen) BLAST-Lauf wurde durchgeführt. Die Ergebnisse konnten die in der Literatur beschriebene Fehlerwahrscheinlichkeit der Nanoporensequenzierung bestätigen. Trotz dessen, konnten ähnliche Sammelpräferenzen der Bienen mit beiden Sequenzierungsmethoden beobachtet werden, die ökologische Schlussfolgerungen zulassen.
Author: | Lisa Carolina Prudnikow |
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Advisor: | Röbbe Wünschiers, Catrin Westphal |
Document Type: | Bachelor Thesis |
Language: | English |
Year of Completion: | 2019 |
Granting Institution: | Hochschule Mittweida |
Release Date: | 2021/03/02 |
GND Keyword: | Nanopartikel; Sequenzanalyse <Chemie> |
Institutes: | Angewandte Computer‐ und Biowissenschaften |
DDC classes: | 572.330285 Sequenzanalyse |
Open Access: | Innerhalb der Hochschule |
Licence (German): | Urheberrechtlich geschützt |