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Aufgrund einer immer älter werdenden Bevölkerung ist das Thema des gesunden
Alterns ein wichtiges Forschungsfeld. Dabei haben vor allem molekulare Prozesse eine bedeutende Rolle, weshalb auch die DNA ein bedeutendes Untersuchungsobjekt darstellt. Neben Mutationen auf Sequenzebene gibt es auch Veränderungen der DNA auf einer übergeordneten Ebene, welche die Sequenzabfolge selbst nicht verändern. Ein solcher Prozess ist die DNA-Methylierung, welche in allen höher entwickelten Eukaryonten von großer Bedeutung ist. Ein Modellorganismus, der in der Alternsforschung
immer mehr Beachtung fndet, ist der manuelle Fisch N. furzeri. Da zur
DNA-Methylierung im Organismus N. furzeri noch nichts bekannt ist, erfolgte im Rahmen dieser Masterarbeit eine Untersuchung der globalen DNA-Methylierung im Alterungsprozess des N. furzeri.
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Entwicklung eines Streifentestsystems, mit einer integrierten Amplifikationsmethode und Read-out-System, zum Nachweis pathogener Bakterien in Wunden. Dabei wird als Amplifikationsmethode die Rekombinase-Polymerase-Amplifikation (RPA) unter Verwendung des TwistAmp® nfo Kits, der Firma TwistDX Ltd., gewählt. Zur Detektion sollen Milenia HybriDetect Streifentests, der Firma Milenia Biotec GmbH, verwendet werden, da diese mit dem TwistAmp® nfo Kit kombiniert werden können. Diese zwei Methoden sollen in die onsite.flow Kartusche, der Firma BiFlow Systems GmbH, eingebracht werden. Um dies zu realisieren, sollen thermographische Charakterisierungen mit der onsite.flow Kartusche durchgeführt werden. Wichtig ist dabei, vor allem die Temperatur bei 37° C, da die RPA hier ihr Optimum findet. Um dies zu testen, sollen zwei Regelungsarten der onsite.flow Kartusche untersucht werden. Zum einen die Regelung über die Stromstärke und zum anderen die Regelung über die Temperatur. Weiterhin soll die Nachregelung der Temperatur durch ein Offset untersucht werden und das Beheizen von Flüssigkeiten im Näpfchen mit der onsite.flow Kartusche. Zudem sollen mit dem TwistAmp® nfo Kit, mithilfe von Agarosegelen, erste Versuche unter verschiedenen Reaktionsbedingungen durchgeführt und in Hinblick auf eine quantitative Aussage, untersucht werden. Außerdem sollen die Milenia HybriDetect Streifentest auf verschiedene Bedingungen, die in der onsite.flow Kartusche vorliegen, im Reaktionsgefäß getestet werden. Anschließend soll die RPA im Näpfchen der onsite.flow Kartusche durchgeführt werden und mit den Streifentests das Amplifikationsprodukt detektiert werden. Zuletzt sollen der Streifentest und die Reaktionsbestandteile des TwistAmp® nfo Kits, in die onsite.flow Kartusche eingebracht werden.
Obesity is a major public health issue in many countries and its development leads to many severe conditions. Adipose tissue (AT) simply called fat, in males visceral adipose tissues (VAT) are dominant. Estrogens play an important role in many pathological processes.
In this study, one of the subtypes of the estrogen receptor ER-beta is activated using KB (Specific ligand) treatment on VAT.
In this study, I investigated the metabolism effectof KB treatment on VAT using bioinformatics methods.
In this thesis study, I applied several bioinformatics methods such as differential expression gene analysis, pathway analysis, RNA splicing analysis and SNPs callings to make the prediction of the effect of KB treatment on VAT. A list of candidate genes, pathways and SNPs were identified in this study, which could provide some clues to reveal the genetic mechanism underlying the KB treatment effect. The results of my study show that the KB treatment on VAT has caused significant effect.
Für die switchSENSE®-Technologie der Firma Dynamic Biosensors sollen DNAOrigami-Konstrukte gefaltet werden. Da der einzelsträngige M13mp18-Virus-DNAStrang zu lang für die benötigten DNA-Origami-Strukturen ist, sollen aus diesem kürzere Gerüststränge generiert werden. Dafür gibt es zwei Strategien: den DNAStrang durch passende Restriktionsenzyme spalten zu lassen oder einen einzelsträngigen DNA-Strang durch eine asymmetrische PCR amplifizieren zu lassen. Beide Strategien wurden ausgetestet und auf ihre Wirtschaftlichkeit hin verglichen.
Bereits 1886 entdeckte der Kinderarzt Theodor Escherich ein neuartiges Bakterium, welches später den Namen Escherichia (E.) coli bekommt, im Darm von Kleinkindern. Im Laufe der Jahre fand man heraus, dass E. coli sowohl probiotische, als auch pathogene Eigenschaften haben kann. Pathogene E. coli können eine ganze Reihe gefährlicher Durchfallerkrankungen auslösen, was eine sichere Diagnose der Erreger notwendig macht. Die zuverlässigste Analysemethode ist die Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR). Dabei können kleinste Mengen DNA vervielfältigt und anschließend analysiert werden. Ziel dieser Arbeit ist die Entwicklung und Validation einer Multiplex-PCR, um insgesamt sieben verschiedene pathogenen E. coli nachweisen und unterscheiden zu können
The endogen steroid hormone 17b-estradiol is a central player in a wide range of physiologic, behavioral processes and diseases in vertebrates. As a consequence, it is a main target for molecular design and drug discovery efforts in medicine and environmental sciences, which requires in-depth knowledge of protein-ligand binding processes. This work develops a bioinformatic framework based on local and global structure similarity for the characterization of E2-protein interactions in all 35 publicly available three-dimensional structures of estradiol-protein complexes. Subsequently, it uses gained data to identify four geometrically conserved estradiol binding residue motifs, against which the Protein Data Bank is queried. As result of this database query, 15 hits present in seven protein structures are found. Five of these structures do not contain E2 as ligand and had thus not been included in this work’s initial data set. One of these newly detected structures is structurally and functionally dissimilar, as well as evolutionarily distant from all other proteins analyzed in this work. Nevertheless, the ability of this protein to actually bind estradiol must be further analyzed. Finally, geometrically conserved E2-protein interactions are identified and a new research direction using these conserved interaction ensembles for the detection of novel estradiol targets is proposed.
Brassica oleracea like all crucifers plants have a defense mechanism against natural enemies, which are chemical compounds formed form the enzymatic degradation of glucosinolates. In the presence of epithiospecifier proteins (ESP), the hydrolysis of glucosinolates will form epithionitriles or nitriles depending on the glucosinolate structure, This research proved that three predicted sequences (ESP) taken from NCBI database has a role in the enzymatic hydrolysis of glucosinolates in Brassica oleracea.
In dieser Arbeit wurde mittels grafischer Bildanalyse die Fließrichtung deutscher Oberflächengewässer bestimmt. Die Bestimmung beruht auf der einfachen Logik, dass jede Quelle in einem Einzugsgebiet, zu einem eindeutigen Gebietsausfluss führt. Dazu wurde ein Java Programm geschrieben, welches in ImageJ eingebunden wurde und als Plug-in fungiert. Mit dem Programm ist es möglich, für jede geografisch erfasste Flusskoordinate die Quell- und Senkenentfernung zu erhalten, die Anzahl an Verzweigungen zu bestimmen sowie die Koordinaten des gesamten oder wahlweise in km abgestuften Oberlaufs an Zielkoordinaten zu erfassen. Das Programm wurde genutzt, um für Makrozoobenthos-Messstellen die Landnutzung im Oberlauf 100 m rechter- und linkerhand des Zielflusses zu berechnen, um daraus Rückschlüsse auf mögliche Eintragspfade von Pflanzenschutzmitteln zu ziehen. Desweiterem wurden aus dem deutschlandweiten Datensatz von knapp 21.000 Messstellen weitgehend naturbelassene Flussabschnitte selektiert, welche als Referenzgewässer fungieren.
Diese Arbeit befasst sich mit der Bestimmung der minimalen Hemmkonzentration (MHK) im Titerplattenformat für Antibiotika und/oder Effluxpumpen-Inhibitoren anhand verschiedener klinischer Isolate von E. faecalis, E. faecum und S. aureus und dem Vergleich mit bereits vorhandener Literatur. Aufbauend auf den ermittelten MHK-Werten wurden dann Bestimmungen der minimalen Biofilm-inhibierenden Konzentration am konfokalen Laser-Scanning-Mikroskop durchgeführt. Die Klonalität der verwendeten Isolate wurde mittels Random Amplified Polymorphic DNA-PCR und den daraus erstellten Dendrogrammen geprüft.